Partie Ⅱ L'utilisation d'antibiotiques par les patients COVID-19 présentant des comorbidités : le risque d'augmentation de la résistance aux antimicrobiens

Résultats

1. Distribution des isolats bactériens cliniques parmi les patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)

Sur les 856 échantillons de patients au total, n=506 (59,11 %) étaient des hommes et n=350 (40,88 %) étaient des femmes, comme indiqué dans le tableau 1. Un total de 342 ( 39,95 %) des échantillons se sont révélés positifs pour différents isolats bactériens. La plupart des cultures bactériennes se sont révélées positives dans l'urine (n=136, 39,76 %) et les cultures d'aspiration trachéale (n=51, 14,91 %) suivies d'un lavage broncho-alvéolaire (n {{18} }, 14.03 % ), prélèvement de plaie (n=37, 10,81 % ), sang (n=32, 9,35 % ), crachats (n=24, 7,01 pour cent), écouvillon de pus (n=5, 1,46 pour cent), pointe de cathéter de Foley (n=4, 1,16 pour cent), abcès (n=3, 0,87 pour cent) et liquide pleural (n=2, 0,58 %).

2. Isolats cliniques de diverses infections

La comorbidité diagnostiquée la plus courante était l'insuffisance rénale chronique (IRC), ainsi que l'infection des voies urinaires (IVU) (21,4 %), causée principalement par E. coli (50 %), suivie par la Klebsiella pneumoniae (20 %). La deuxième comorbidité la plus diagnostiquée était la septicémie et l'hématurie (19,1 %), également causées principalement par E. coli (52,9 %), suivies de Klebsiella pneumoniae (11,8 %) et de Proteus spp. (11,7 pour cent), respectivement. Le diagnostic le moins fréquent était les infections des voies respiratoires (1,11 %), causées principalement par Klebsiella pneumoniae (100 %). La BSI suivie des abcès pulmonaires (1,07 %) a été causée principalement par la Klebsiella pneumoniae. (100 pourcent ). La prévalence des isolats bactériens est indiquée dans le tableau 2. Matériel supplémentaire : La figure S1 montre la bêta-hémolyse par Streptococcus spp. Sur gélose au sang après 24 h d'incubation à 37 ◦C. La figure S2 montre l'apparence des bâtonnets Gram-négatifs sous observation à l'objectif 100× du microscope. Dans le même temps, la figure S3 montre l'apparition de cocci à Gram positif. La figure S4 montre le test d'esculine biliaire positif, qui concerne Enterococcus faecalis. La figure S5 montre les résultats positifs pour Escherichia coli en utilisant le kit API.

3. Profils de sensibilité aux antibiotiques des isolats cliniques

Les profils de résistance aux antibiotiques des isolats bactériens individuels sont présentés dans les figures 1 à 4.

Dans les unités de soins intensifs, différents antibiotiques ont été prescrits et administrés aux patients avec un diagnostic différent, comme le montre le tableau 3.

4. Répartition des patients COVID-19 présentant des comorbidités majeures

Outre le COVID-19, 36,09 % (n=309) des patients souffraient également de pneumonie bactérienne, d'infections urinaires, de méningo-encéphalite et de septicémie. Les patients atteints de pneumoniae ont également reçu un diagnostic d'aspiration, de diabète sucré (DM), de maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), de cardiopathie ischémique (IHD) et d'hypertension (HTN). Les patients atteints d'IVU, de méningo-encéphalite et de septicémie ont également été diagnostiqués avec d'autres comorbidités, qui étaient la principale cause de mortalité, comme le montre le tableau 4.

Une association significative (p < 0.001) a été trouvée entre les patients COVID-19, les comorbidités et le taux de mortalité. La corrélation entre les co-infections et la gravité de la COVID-19 est présentée dans le tableau 5.

5. Taux de mortalité et de récupération du patient

Le taux de récupération et de mortalité parmi les patients COVID-19 a été enregistré pendant leur séjour à l'hôpital. Sur un total de 856 patients COVID-19, le taux de récupération était de 76,16 % (n=652). Le taux de mortalité était de 23,83 % (n=204). Le taux de mortalité le plus courant chez les patients COVID-19 présentant différentes comorbidités était les cas de MPC, suivis des pneumonies, des infections urinaires, de la septicémie, de la cellulite, du cancer du pancréas, de l'ascite, de l'IRC, des rigueurs de la pyélonéphrite, de la cystite et de l'hématurie.

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Discussion

Les antibiotiques sont les médicaments les plus couramment prescrits chez les patients hospitalisés, en particulier dans les USI. Il est impératif d'utiliser les antibiotiques appropriés dans les unités de soins intensifs avec peu de prescriptions comme une qualité de soins, un contrôle des infections, une réduction des coûts et une durée d'hospitalisation acceptables [17-19]. Les patients admis à l'unité de soins intensifs sont gravement malades et nécessitent la prescription du médicament sans attendre les rapports de culture qui donnent des informations sur le profil de résistance antimicrobienne de l'organisme suspecté pour une cause spécifique [20,21]. En ce qui concerne les rapports de culture, il n'y a pas de possibilité d'attendre les rapports car ceux-ci prennent un minimum de 48 h, et par conséquent, la résistance aux antibiotiques se produit chez les patients admis aux USI [22]. L'étude actuelle a été menée auprès de patients COVID-19 admis dans les unités de soins intensifs des hôpitaux de soins tertiaires, nécessitant une surveillance et des soins spéciaux pour analyser le schéma d'utilisation des antibiotiques et déterminer la prévalence de la RAM. Notre analyse a inclus la sensibilité aux antibiotiques et le schéma de résistance de chaque organisme isolés chez les patients admis en USI.

Une étude précédente sur les infections microbiennes et les schémas de résistance aux antibiotiques chez les patients COVID-19 admis dans les unités de soins intensifs des hôpitaux de soins tertiaires a montré que Pseudomonas était l'organisme le plus couramment identifié dans les soins intensifs médicaux, suivi de la pneumonie à Klebsiella [23]. Une étude sur la prévalence des micro-organismes et la résistance bactérienne dans le SICU de l'Université médicale Bangabandhu Sheikh Mujib du Bangladesh a montré que l'organisme identifié le plus élevé était Acetobacter. (45,4 pour cent), de P. aeruginosa (32,2 pour cent), Proteus (11 pour cent), Klebsiella pneumoniae 10 pour cent et E. coli (3 pour cent) ont été identifiés [24]. Une étude de Mehta et al., 2015 sur des patients en soins intensifs a révélé que Pseudomonas spp. (29,1 pour cent) était l'organisme le plus courant, suivi par Acinetobacter spp. (27,5 pour cent) [18]. Une autre analyse antérieure de l'AST et du profil bactériologique des patients des hôpitaux de soins tertiaires d'Ahmadabad a montré qu'Acinetobacter spp. [30,9 pour cent] était l'organisme le plus courant, après Klebsiella spp. (29,8 pour cent) et P. aeruginosa (22,9 pour cent) [19]. Cependant, dans l'étude actuelle, l'organisme isolé le plus courant était E. coli (38 pour cent), suivi de Klebsiella pneumoniae (24 pour cent), P. aeruginosa (14 pour cent). Tandis que Streptococcus agalactiae, Citrobacter freundii, Serratia liqeuficiens et Stenotrophomonas maltophilla étaient respectivement de 1,7 %, 1,1 %, 1,1 % et 1,4 %.

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En Jordanie, une étude a été menée pour voir les taux de RAM, la prévalence des infections bactériennes et le mauvais usage des antibiotiques. Ils ont mené une étude pour résoudre le taux de résistance des bactéries Gram-négatives chez les patients admis aux soins intensifs de l'hôpital Prince Hasen. Elle a révélé que P. aeruginosa était l'agent pathogène le plus résistant et la bactérie résistante aux antibiotiques à large spectre [15]. Une étude antérieure similaire sur les uropathogènes des soins intensifs a montré qu'E. coli était très sensible à l'imipénème, au méropénème et à la nitrofurantoïne [25]. Le deuxième organisme le plus courant dans l'étude actuelle était Klebsiella pneumoniae, résistant à 100 % à l'ampicilline et à 91 % à l'acide Amp-clavulanique. Pour Klebsiella pneumoniae, l'option de traitement était l'amikacine et la gentamicine. Les travaux sur le profil de résistance aux antimicrobiens de l'agent pathogène bactérien dans l'unité de soins intensifs de l'hôpital de Fatimawati ont montré une résistance élevée à la céphalexine (96,3 %), au céfotaxime (64,3 %) et à la ceftriaxone (61,0 %) démontrée par P. aeruginosa. L'antibiotique le plus efficace contre P. aeruginosa était l'amikacine après l'imipénème (81,3 %) et le méropénème (75,2 %). Klebsiella pneumoniae a montré une résistance à la céphalexine, à la ceftriaxone et à la ceftazidime (86,6 %) (75,9 %) (73,4 %) respectivement [26]. Dans l'étude actuelle, l'organisme le plus courant, E. coli, a montré une résistance à l'ampicilline (83 %) et à l'acide Amp-clavulanique (87 %). Dans ce cas, l'antibiotique le plus efficace était l'imipénème et le méropénème. La plupart des E. coli ont montré une sensibilité élevée à l'imipénème et au méropénème (96 %). L'imipénème et le méropénème sont généralement utilisés contre les GPI et les RNB. Cependant, une étude menée en Inde a montré que Klebsiella était plus sensible à l'imipénème et à la nitrofurantoïne et présentait plus de résistance à la pénicilline et à la gentamicine [18].

La plupart des organismes Gram-positifs de l'étude actuelle étaient résistants à la pénicilline et à la tétracycline. Pour le traitement des bactéries Gram-positives, le linézolide, la gentamicine et la vancomycine ont été utilisés. La plupart des organismes Gram-négatifs étaient résistants à deux ou plusieurs antibiotiques alarmants et ont rapidement causé une mortalité et une morbidité élevées. Cela affectera également la gestion des bactéries Gram-négatives. Environ 17 types d'antibiotiques différents ont été utilisés dans l'unité de soins intensifs. Les carbapénèmes, les fluoroquinolones, les aminoglycosides et les quinolones étaient fortement consommés parmi tous les antibiotiques. Dans une étude en Inde, la consommation élevée de bêta-lactamines, de carbapénèmes et de métronidazole a été observée. Une autre étude au Népal a montré que l'ampicilline, le métronidazole et l'amoxicilline étaient les antibiotiques les plus courants [27]. Une autre étude de recherche a montré que les bêta-lactamines, les nitroimidazoles et les fluoroquinolones étaient couramment utilisés dans une unité de soins intensifs [12]. La prévalence du SARM dans l'étude actuelle était de 16 %, l'ERV était de 11 % et la CRE de 17 %, ce qui montre un taux élevé d'AMR contre la plupart des médicaments efficaces. Ces taux élevés de RAM chez les patients de l'USIC sont une situation alarmante pour tous les cliniciens et chercheurs et le temps de prendre certaines mesures pour assurer l'utilisation correcte des antibiotiques.

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Les résultats de l'étude actuelle ont montré qu'environ 36 % des patients COVID-19 souffraient de pneumonie suivie d'aspiration, de diabète sucré (DM), de maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), de cardiopathie ischémique (IHD) et d'hypertension. Des infections urinaires, des méningo-encéphalites et des septicémies suivies de différentes comorbidités ont également été diagnostiquées. Les COVID-19 avec pneumonie bactérienne étaient la cause la plus importante de détresse et de mortalité. DM, HTN, CKD étaient des comorbidités significatives chez les patients en soins intensifs. De nombreux patients souffraient de DM et d'HTN en même temps. Les femmes ont connu plus de complications et de comorbidités que les hommes. Cependant, une précédente revue systématique et méta-analyse par Yang et al. (2020) ont rapporté que l'HTN et le diabète étaient les comorbidités les plus courantes, suivis des maladies cardiovasculaires (MCV) et de la pneumonie. L'odds ratio combiné de l'HTN, de la pneumonie et des maladies cardiovasculaires chez les patients sévères était plus faible que chez les patients non sévères [28]. Nous avons examiné l'incidence des comorbidités chez les patients infectés par le COVID-19 et avons découvert que des affections sous-jacentes, telles que l'HTN, la pneumonie, le diabète, l'IRC et la MPOC, pourraient être un facteur de risque de taux élevés de RAM chez les COVID-19 les patients.

L'étude actuelle a été réalisée dans un seul hôpital, et seuls les patients recrutés pour l'étude actuelle ont été admis dans les unités de soins intensifs. La taille de l'échantillon était plus petite en raison de l'étude dans un seul centre/unité. De plus, des études multicentrales avec un échantillon de plus grande taille sont recommandées.

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conclusion

L'étude actuelle indique une prévalence significative d'infections bactériennes et des taux élevés de RAM chez les patients COVID-19, en particulier avec des comorbidités et des complications spécifiques, ce qui rend difficile l'identification de la priorité des groupes de traitement et l'amélioration de la prise en charge de ces infections. Ces taux élevés de RAM peuvent entraîner des taux de mortalité élevés ; c'est pourquoi une politique d'utilisation antibactérienne spécifique des institutions et des USI est nécessaire pour contrôler ce problème. Des audits périodiques sont nécessaires pour contrôler le respect de ces directives. Dans une configuration hospitalière, la sensibilité aux antibiotiques et les schémas de résistance aux antimicrobiens doivent être pris en compte pour inciter l'expert en contrôle des infections ou le clinicien à commencer des antibiotiques empiriques dans les cas graves. Un effort intensif et systématique est nécessaire pour classer rapidement les patients à haut risque et minimiser l'utilisation non pertinente d'antibiotiques, l'une des principales raisons de l'augmentation des taux de RAM dans les pays en développement.

Les références

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Basit Zeshan 1, Mohmed Isaqali Karobari 2,3,4, Nadia Afzal 5, Amer Siddiq 6, Sakeenabi Basha 7, Syed Nahid Basheer 8, Syed Wali Peeran 9, Mohammed Mustafa 10, Nur Hardy A. Daud 11, Naveed Ahmed 1, 12, Chan Yean Yean 12 et Tahir Yusuf Noorani 2.

1. Département de microbiologie, Faculté des sciences de la vie, Université du Pendjab central, Lahore 540000, Pakistan ; dr.basitzeshan@ucp.edu.pk (BZ); naveed.malik@student.usm.my (NA)

2. Unité de dentisterie conservatrice, École des sciences dentaires, Universiti Sains Malaysia, Health Campus, Kubang Kerian, Kota Bharu 16150, Kelantan, Malaisie ; tahir@usm.my

3 Département de dentisterie conservatrice et d'endodontie, Saveetha Dental College & Hospitals, Saveetha Institute of Medical and Technical Sciences University, Chennai 600077, Tamil Nadu, Inde

4 Département de dentisterie restauratrice et d'endodontie, Faculté de médecine dentaire, Université de Puthisastra, Phnom Penh 12211, Cambodge

5 Hôpital de l'unité de santé de base (BHU) Mora, Tehsil et district de Nankana Sahib, Nankana Sahib 39100, Pakistan ; nadia.afzal511@gmail.com

6 Faculté de médecine, Université internationale de Riphah, Islamabad 46000, Pakistan ; 5400@students.riphah.edu.pk

7 Département de dentisterie communautaire, Faculté de médecine dentaire, Université de Taif, PO Box 11099, Taif 21944, Arabie saoudite ; sakeena@tudent.edu.sa

8 Department of Restorative Dental Sciences, College of Dentistry, Jazan University, Jazan 45142, Saudi Arabia; syednahidbasheer@gmail.com

9 Department of Periodontics, Armed Forces Hospital Jizan, Jazan 82722, Saudi Arabia; doctorsyedwali@yahoo.in

10 Département des sciences dentaires conservatrices, Collège de médecine dentaire, Université Prince Sattam Bin Abdulaziz, PO Box 173, Al-Kharj 11942, Arabie saoudite ; ma.mustafa@psau.edu.sa

11 Faculté d'agriculture durable, Universiti Malaysia Sabah, Sandakan Campus, Locked Bag No.3, Sandakan 90509, Sabah, Malaisie ; nur.hardy@ums.edu.my

12 Department of Medical Microbiology and Parasitology, School of Medical Sciences, Universiti Sains Malaysia, Kubang Kerian, Kota Bharu 16150, Kelantan, Malaysia; yychan@usm.my