SARS‑CoV‑2 : Grandes données de séroprévalence du Pakistan : l'immunité collective est-elle à portée de main ?

Abstrait

But

Des enquêtes de séroprévalence dans différents pays ont signalé des taux d'anticorps anti-SRAS CoV-2 inférieurs à 20 %, même dans les zones les plus touchées, et l'immunité collective ne peut être prédite tant que plus de la moitié de la population ne contracte pas la maladie. Le but de cette enquête était d'estimer l'ampleur de la propagation communautaire de l'infection, l'immunité associée, ainsi que les perspectives et la proximité d'une «communauté de troupeau».

L'immunité collective se produit lorsqu'un nombre suffisant de personnes dans un groupe deviennent immunisées contre une maladie pour que l'ensemble du groupe soit protégé contre cette maladie. Lorsque de plus en plus de personnes dans une population deviennent immunisées contre une maladie, la propagation de la maladie ralentit ou s'arrête car l'agent pathogène ne peut pas trouver de nouvelles personnes à infecter. L'immunité collective peut être obtenue par des mesures telles que la vaccination, l'infection naturelle et l'isolement. L'immunité collective et l'immunité individuelle sont toutes deux très importantes. Nous devons également améliorer l'immunité dans notre vie quotidienne. Cistanche peut améliorer considérablement l'immunité. Les polysaccharides contenus dans Cistanche peuvent réguler la réponse immunitaire du système immunitaire humain. Améliorer la capacité de stress des cellules immunitaires et renforcer l'effet bactéricide des cellules immunitaires.

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Méthodes

L'étude a été entreprise sous la forme d'une enquête nationale randomisée en grappes. Ces plus grandes données communautaires de séroprévalence du SARS-CoV-2 ont été recueillies entre le 15 et le 31 juillet 2020 dans sept villes sélectionnées au hasard appartenant aux trois provinces les plus peuplées du Pakistan. Le kit approuvé par la FDA de ROCHE a été utilisé pour la détection des anticorps SARS-CoV-2.

Résultats

Des échantillons de sérum de 15 390 participants ont été testés pour les anticorps anti-SRAS CoV-2 avec une séroprévalence globale de 42,4 %. La séroprévalence variait de 31,1% à 48,1% dans différentes villes avec la plus élevée dans la province du Pendjab (44,5%). En analyse univariée, les chances de séropositivité étaient plus élevées chez les hommes que chez les femmes (OR : 1,10, IC à 95 % : 1,01-1,19, P<0.05). In multivariable analysis, the risk of being seropositive was lower (OR 0.72, 95% CI: 0.60–0.87, P<0.01) in the younger group (≤ 20 years) than in those aged above 60 years.

Conclusion

L'étude a conclu que malgré une séroprévalence raisonnable, le pays n'a pas encore atteint le minimum de base d'estimations pour l'immunité collective. La durabilité de l'immunité, bien que débattue pour le moment, a montré un changement éclairé évident vers le côté plus long.

Mots clés

Séroprévalence · Sars · CoV-2 · Anticorps · Troupeau · Immunité.

Introduction

La maladie liée au nouveau coronavirus (COVID-19) a commencé en Chine en décembre 2019, tandis que le Pakistan a déclaré deux cas positifs le 26 février 2020 [1]. L'Organisation mondiale de la santé a déclaré le SARS-CoV-2 une pandémie mondiale le 11 mars 2020, et depuis lors, les cas sont en augmentation dans le monde entier, entraînant des effets sans précédent sur la vie humaine [2]. Les statistiques COVID-19 de l'OMS sur les cas confirmés étaient de 81 533 368 jusqu'au 31 décembre 2020, dont 1 799 911 décès dans le monde [3]. Comme de nombreux autres pays, le Pakistan a connu son plus grand nombre de nouveaux cas et de décès en juin 2020, suivi d'une forte baisse [4, 5]. Les mesures prises par le gouvernement du Pakistan et la baisse du nombre de cas qui en a résulté ont été très appréciées par le monde [6, 7] mais les raisons ne peuvent être entièrement expliquées (en raison du manque de preuves/données à l'appui) [5]. Il y a eu une recrudescence du COVID-19 avec le début de l'hiver et le nombre de cas confirmés a augmenté de 110 530 dont 2060 décès de fin octobre à mi-décembre 2020 [8].

L'infection généralisée a touché toutes les provinces du Pakistan avec 230 718 cas dans le Sind, 62 377 dans le Khyber Pakhtunkhwa, 147 292 cas dans le Pendjab et 39 624 cas dans le territoire de la capitale Islamabad [8]. La réaction d'amplification en chaîne par polymérase par transcription inverse (RT-PCR) est l'étalon-or pour confirmer l'infection par le SARS-CoV-2. Cependant, il peut manquer plusieurs infections pré-symptomatiques et asymptomatiques pendant la latence et ne fournit pas d'informations sur l'immunité contre la maladie qui pourraient aider à illustrer l'état de l'immunité collective dans la communauté [9, 10]. Des études ont signalé des cas de réinfection par le SRAS CoV-2 [11–13], mais certaines autres études ont conclu qu'un nouveau test PCR positif pourrait être dû à plusieurs autres raisons, telles qu'une infection par le SRAS Cov muté-2 et des problèmes techniques. erreur de prélèvement d'échantillons [14, 15].

Les enquêtes de séroprévalence fournissent également des estimations de la population encore vulnérable à l'infection [16]. Une véritable enquête de séroprévalence communautaire fait encore défaut au Pakistan alors que la plupart des études menées sont hospitalières et avec un niveau d'infection variable (11–40 %), étant donné que plusieurs d'entre elles étaient basées sur le rappel [17– 19].

L'immunité collective n'est toujours pas prévisible dans de nombreux pays du monde, car les enquêtes de population sur la séroprévalence révèlent des anticorps aussi bas que 10 à 15% [20] et l'immunité collective ne peut être prédite tant que plus de la moitié de la population ne contracte pas la maladie [21]. L'immunité collective contre une maladie contagieuse comme le COVID-19 pourrait être obtenue lorsque 70 à 90 % de la population devient immunisée en raison d'une vaccination à grande échelle ou d'une exposition à une infection [22]. La deuxième vague de COVID-19 a déjà été établie dans de nombreux pays, dont le Pakistan [23, 24].

Il est donc très important de comprendre la réponse immunitaire dans différentes populations, car elle a d'importantes implications en matière de santé publique et de politique [25, 26]. Cependant, on ne sait toujours pas si l'immunité collective grâce à un vaccin ou à une infection antérieure peut être réalisable.

Cette étude communautaire de séroprévalence a été menée dans les trois principales provinces du Pakistan comptant plus de 90 % de la population du pays. L'objectif était d'avoir une meilleure estimation de la propagation de l'infection au niveau communautaire, du schéma d'immunité associé au COVID-19 et des perspectives de proximité avec l'immunité collective à l'avenir.

Méthodologie

Cette étude a été entreprise sous la forme d'une enquête nationale randomisée en grappes. Sept des quatre-vingt-dix-neuf villes ont été sélectionnées au hasard comme groupe d'étude. Dans chaque groupe, les participants ont été recrutés via un camping mobile à partir de conseils syndicaux sélectionnés au hasard (une unité administrative au sein du district avec une population de 25 000–35 000). Les grappes comprenaient Peshawar, Karachi, Lahore, Multan, Mansehra, Rawalpindi, Multan et Hyderabad de trois grandes provinces (Khyber Pakhtunkhwa, Sindh et Punjab).

L'étude a été menée du 15 au 31 juillet 2020 après l'approbation de l'Institutional Review Board (IRB) de la Prime Foundation, au Pakistan (approbation IRB n° Prime/IRB/2020-248). Après avoir recueilli le consentement éclairé, 5 ml de sang veineux périphérique ont été prélevés dans un flacon d'héparine de lithium. Les données démographiques de base des sujets consentants ont été enregistrées sur un outil structuré.

Stockage, traitement et étiquetage diagnostique des échantillons de phlébotomie

Les échantillons ont été transportés vers des laboratoires dans des conteneurs spécialisés assurant un contrôle de la température. Le sérum a été séparé, centrifugé à 2500 tr/min et stocké dans des coupelles étiquetées, et 20 μL ont été utilisés pour l'analyse. Les échantillons ont été analysés à l'aide du dosage immunologique Elecsys® (Roche, Bâle, Suisse) Anti-SARSCoV-2. Le test utilise une protéine recombinante représentant l'antigène de la nucléocapside (N) pour la détermination des anticorps contre le SARS-CoV-2.

Il s'agit d'un test immunologique pour la détection qualitative in vitro d'anticorps comprenant des IgG contre le SRAS-CoV-2 dans le sérum et le plasma humains [27]. Le kit de ROCHE approuvé par la FDA utilisé pour la détection des immunoglobulines contre le SARSCoV-2 a une spécificité élevée (100 %) et une sensibilité de plus de 98,8 %, selon le fabricant [28]. Cependant, Public Health England estime sa spécificité à 100% mais une sensibilité de 87% [29]. La coupure pour un niveau d'anticorps significatif a été prise à 1 AU/mL selon les instructions du fabricant.

analyses statistiques

Les données ont été saisies et analysées dans SPSS version 24.0. Les moyennes, les médianes et les écarts-types ont été calculés pour les variables continues, tandis que les fréquences, les nombres et les pourcentages ont été calculés pour les variables catégorielles. L'intervalle de confiance pour les proportions a été calculé à l'aide des méthodes binomiales exactes. Le test du chi carré a été utilisé pour comparer des variables catégorielles telles que le sexe, le groupe d'âge et le lieu. L'analyse de régression logistique a été effectuée pour prédire les probabilités de séropositivité parmi les différents groupes d'âge. Le seuil de signification statistique a été établi à une valeur P inférieure ou égale à 0.05.

Résultats

Un nombre total de 15 390 échantillons de sérum (un échantillon par individu) ont été testés pour les anticorps anti-SARS-CoV-2 provenant de trois provinces principales du Pakistan dans sept endroits différents, comme spécifié dans les méthodes ci-dessus. Le tableau 1 montre les estimations de la séroprévalence par sexe, groupes d'âge et différents lieux. La majorité des participants appartenaient à la province du Pendjab (n=8872, 57,6 %) suivie de Khyber Pakhtunkhwa (n=4797, 31,2 %) et de la province du Sindh (n=1721, 11,2 %).

Sur le total, 12 280 (79,8 %) étaient des hommes et 3 110 (20,2 %) étaient des femmes avec un âge moyen de 35,21 ans (ET ± 13,29). Le groupe d'âge de 21 à 40 ans comprenait le nombre majoritaire de personnes (n=9348, 60,7 %) tandis que le groupe d'âge de plus de 60 ans comprenait le plus petit nombre de participants (n=652, 4,2 %).

Au cours de la période d'étude, sur l'échantillon total (n=15 390), 6 518 testés se sont révélés positifs pour les anticorps SARS COV-2 avec une séroprévalence globale de 42,4 % (IC binomial exact à 95 % : 41,5–43,14 ).

Dans différents groupes d'âge, le groupe d'âge supérieur de plus de 6 0 ans présentait la séropositivité la plus élevée (44,6 %, IC à 95 % : 40,7–48,5), tandis que la séropositivité la plus faible était estimée dans le groupe d'âge plus jeune inférieur ou égal à à 20 (36,7 %, IC à 95 % : 34,2 à 39,1) (tableau 1). La séroprévalence était la plus élevée dans la province du Pendjab (44,5 %) (IC binomial exact à 95 % : 43,5-45,6), suivie de Khyber Pakhtunkhwa (42,2 %) (IC binomial exact à 95 % : 41,2-44,0) et dans la province du Sindh (31,8 %) (Binomial Exact 95 % IC : 43,5-45,6). IC exact à 95 % : 29,6–34,1) avec une association statistiquement significative (P<0.01) when chi-square test was applied. The city-wise seroprevalence was also calculated that ranging from 31.1% (Binomial Exact 95% CI: 28.8–33.3) in Mansehra city to 48.1% (Binomial Exact 95% CI: 46.3–49.8) in Peshawar city (Fig. 1). For the remaining five locations, the seroprevalence estimates fell within this range (31.1–48.1%).

En analyse univariée, les chances de séropositivité étaient plus élevées chez les hommes que chez les femmes (OR : 1,10, IC à 95 % : 1,01-1,19, P<0.05) but was not statistically significant in multivariable analysis (P>{{0}}.05) (Tableau 2). Les chances de séropositivité dans l'analyse multivariée étaient faibles chez les plus jeunes (inférieur ou égal à 20 ans) avec un OR : 0·72, IC à 95 % : 0,60-0,87 par rapport au groupe d'âge de plus de 60 ans ans et avait une valeur P hautement statistiquement significative de<0.01. Similarly, the age groups of 20–40 and 41–60 years also had a lower risk of being seropositive (OR: 0.91, 95% CI: 0.77–1.07) and (OR: 0.98, 95% CI: 0.83–1.16) respectively to the age group of above 60 years and was found to be numerically higher (P = 0.25, P=0.88) (Table 2).

Discussion

Pendant la pandémie actuelle, les tests sérologiques semblent être une stratégie utile pour déterminer la transmission interhumaine du COVID-19. L'utilisation de tests sérologiques dans la population asymptomatique ou présentant des symptômes légers est cruciale, car ils optent rarement pour le test PCR [30] masquant le taux d'infection réel de la population. Différentes études menées dans différentes parties du monde ont indiqué que de nombreuses personnes testées positives pour le SRAS-CoV-2 ne présentaient aucun symptôme [31–33].

Cette étude a mené des tests sérologiques pour le COVID-19 dans la population de trois provinces du Pakistan. La séropositivité augmentait avec l'âge dans notre étude. Une revue à jour par Lai et ses collègues a rapporté que c'était également le cas dans certaines autres études, mais ce n'était pas une conclusion universelle, cependant dans toutes les études [34]. De plus, ni eux ni Anand et al. dans une étude de données volumineuses aux États-Unis, n'ont trouvé aucune différence significative de séropositivité entre les hommes et les femmes [34, 35]. Notre étude sur analyse multivariée n'a pas non plus trouvé de différence significative de séropositivité entre les sexes.

Cependant, l'étude a révélé une séroprévalence globale de 42,4 %. Sachant que lorsque la majorité d'une population est immunisée contre une maladie infectieuse, elle assure une protection indirecte, c'est-à-dire une immunité collective à ceux qui ne sont pas immunisés contre la maladie. Étant donné qu'une vaccination efficace contre le COVID-19 pose de nombreux problèmes d'accessibilité financière et de chaîne d'approvisionnement, en particulier pour les pays en développement, et que l'on pense que les virus de la grippe mutent rapidement, l'évolution naturelle de l'infection reste la principale possibilité pour acquérir une immunité collective [36].

Des questions ont été soulevées sur la durée de l'immunité contre le COVID-19. Une étude récente publiée dans Science Journal a rapporté que la mémoire immunologique du SRAS-CoV -2 peut durer plus de six mois et a révélé en outre que le pic-IgG était relativement stable sur plus de six mois, et que les cellules B mémoire spécifiques au pic étaient plus abondante à six mois qu'à un mois [37].

Les nouvelles concernant l'émergence d'une variante préoccupante (VOC) au Royaume-Uni d'origine brésilienne pourraient poser un scénario difficile en termes de suivi et de contrôle de la propagation des COV et de compréhension de leurs effets sur la pandémie, en particulier dans les pays à revenu faible à intermédiaire. pays (PRITI). Ceci, ainsi que l'immunité de courte durée associée aux pandémies de type fu, n'empêche pas la réinfection et les problèmes d'obtention de l'immunité collective [38].

Conclusion

La séroprévalence globale des anticorps anti-SRAS CoV-2 au Pakistan était raisonnablement élevée dans cette étude (en juin 2020), mais toujours en deçà du minimum de base pour l'immunité collective. La séroprévalence variait dans les différentes villes du Pakistan et selon l'âge et le sexe également. L'immunité, bien que dépendante d'un certain nombre d'agents, d'hôtes et de facteurs environnementaux, peut ne pas être de très courte durée (3 mois environ, comme on le croyait auparavant), et avec le temps, les preuves s'accumulent qui pointent vers la longévité du immunité bien au-delà.

Limitation

Une limitation à garder à l'esprit pourrait être le biais de sélection qui peut s'être produit en raison de la participation volontaire de CU sélectionnés au hasard.

Information supplémentaire

La version en ligne contient des éléments supplémentaires disponibles sur https://doi.org/10.1007/s15010-021-01629-2.

Remerciements

Les auteurs tiennent à remercier tous les participants à l'étude, le terrain et le personnel de laboratoire impliqué dans la collecte et l'analyse du sérum pour cette étude.

Financement

Le financement de cette étude a été fourni par la Al-Khidmat Health Foundation, tandis que les kits d'anticorps SARS CoV-2 ont été donnés par ROCHE.

Disponibilité des données et du matériel

Les données de l'étude sont disponibles auprès de l'auteur correspondant sur demande raisonnable.

Déclarations

Conflit d'intérêt

Les auteurs de cette étude déclarent qu'ils n'ont pas d'intérêts financiers concurrents connus ou de relations personnelles qui auraient pu sembler influencer le travail rapporté dans cette étude.

Les références

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