SARS-CoV-2 Infection And Vaccine Effectiveness in England (REACT-1) : une série d'enquêtes communautaires aléatoires transversales

Contact : Audrey Hu Whatsapp/hp : 0086 13880143964 E-mail :audrey.hu@wecistanche.com

Marc Château-Hyam, Haowei Wang*, Oliver Eales*, David Haw*, Barbara Bodinier*, Matthew Whitaker, Caroline E Walters, Kylie EC Ainslie, Christina Atchison, Claudio Fronterre, Peter J Diggle, Andrew J Page, Alexander J Trotter, Deborah Ashby, Wendy Barclay, Graham Taylor, Graham Cooke, Helen Ward, Ara Darzi, Steven Riley, Christl A Donnelly†, Paul Elliott†, en collaboration avec le consortium COVID-19 Genomics UK

Sommaire

Contexte : L'Angleterre a connu une troisième vague d'épidémie de COVID{{0}} depuis la fin du 2 mai{{40}}21, coïncidant avec la propagation rapide du delta (B. 1.617.2) variante, malgré des niveaux élevés de vaccination chez les adultes. Les taux de vaccination (dose unique) en Angleterre sont plus faibles chez les enfants âgés de 16 à 17 ans et de 12 à 15 ans, dont la vaccination en Angleterre a commencé en août et en septembre 2021, respectivement. Notre objectif était d'analyser la dynamique sous-jacente des modèles de prévalence du SARS-CoV-2 au cours du 2021 septembre, en Angleterre. Méthodes : l'étude d'évaluation en temps réel de la transmission communautaire-1 (REACT-1), qui a commencé la collecte de données le 2 mai02{{10{{128} }}}, implique une série d'enquêtes transversales aléatoires dans la population générale d'Angleterre âgée de 5 ans et plus. À l'aide des données de positivité des écouvillons RT-PCR de {{20}} participants avec des écouvillons de gorge et de nez valides lors de la ronde 14 de REACT-1 (du 9 au 27 septembre, 2021), nous avons estimé la prévalence communautaire du SARS-CoV-2 et l'efficacité du vaccin contre l'infection en combinant les données de la série 14 avec les données de la série 13 (du 24 juin au 12 juillet, 2021 ; n{{34} }). Résultats : le 2 septembre021, nous avons estimé un taux moyen de positivité RT-PCR de 0·83 % (95 % CrI 0·76–0·89), avec un nombre de reproduction (R) global de 1·03 (95 % CrI 0·94–1·14). Parmi les 475 (62,2 %) des 764 écouvillons positifs séquencés, tous étaient de la variante delta ; 22 (4·63 % ; IC à 95 % 3·07–6·91) incluaient la mutation Tyr145His dans la protéine de pointe associée à la sous-lignée AY.4, et il y avait une mutation Glu484Lys. L'âge, la région, le statut de travailleur clé et la taille du ménage ont contribué conjointement au risque de positivité des écouvillons. La prévalence pondérée la plus élevée a été observée chez les enfants âgés de 5 à 12 ans, à 2·32 % (ICr à 95 % 1·96-2·73) et ceux âgés de 13 à 17 ans, à 2·55 % (2·11-3 ·08). L'épidémie de SRAS-CoV-2 a augmenté chez les personnes âgées de 5 à 11 ans, avec un R de 1·42 (95 % CrI 1·18–1·68), mais a diminué chez les personnes âgées de 18 à 54 ans, avec un R de 0,81 (0,68–0,97). Aux âges de 18 à 64 ans, l'efficacité ajustée du vaccin contre l'infection était de 62,8 % (IC à 95 % 49,3–72,7) après deux doses par rapport aux personnes non vaccinées, pour tous les vaccins combinés, 44,8 % (22 ·5–60·7) pour le vaccin ChAdOx1 n Cov-19 (Oxford–AstraZeneca) et 71·3 % (56·6–81·0) pour le vaccin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech). Chez les personnes âgées de 18 ans et plus, la prévalence pondérée de la positivité de l'écouvillonnage était de 0,35 % (ICr à 95 % 0,31–0,40) si la deuxième dose était administrée jusqu'à 3 mois avant l'écouvillonnage, mais de 0,55 % ( 0·50-0·61) pour ceux qui ont reçu leur deuxième dose 3 à 6 mois avant leur prélèvement, contre 1·76 % (1·60-1·95) chez les personnes non vaccinées.Interprétation:En septembre 2021, à la rentrée scolaire d'automne en Angleterre, les infections augmentaient de façon exponentielle chez les enfants âgés de 5 à 17 ans, à une époque où les taux de vaccination étaient faibles dans cette tranche d'âge. Chez les adultes, par rapport à ceux qui ont reçu leur deuxième dose il y a moins de 3 mois, la prévalence plus élevée de la positivité des écouvillons à 3-6 mois après deux doses du vaccin COVID-19 suggère un risque accru de percées d'infections pendant cette période . Le programme de vaccination doit atteindre les enfants ainsi que les adultes non vaccinés et partiellement vaccinés pour réduire la transmission du SRAS-CoV-2 et les perturbations associées au travail et à l'éducation. Financement Département de la santé et des affaires sociales, Angleterre.

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Introduction

Le Royaume-Uni a connu l'un des taux d'infection par le SARS-CoV-2 et de mortalité par COVID-19 les plus élevés d'Europe depuis le début de la pandémie. Cependant, le Royaume-Uni a également été l'un des premiers pays à mettre en œuvre un programme national de vaccination, à partir de décembre 2020, avec un déploiement auprès de la population initialement ciblée sur les personnes les plus à risque, y compris les personnes âgées (en commençant par celles âgées de plus de ou égal à 80 ans). ans), les travailleurs de la santé et des services sociaux et les personnes ayant des problèmes de santé spécifiés.1

La propagation rapide de la variante delta (B.1.617.2) en Angleterre à partir de mai 2021 a coïncidé avec la troisième vague d'infections,2, et la prévalence des infections est restée élevée pendant l'été et au-delà. En août 2021, l'incidence des cas d'infection par le SARS-CoV-2 confirmés par RT-PCR se présentant au programme national de dépistage en Angleterre (Pilier 2) a augmenté progressivement de plus de 10 % dans l'ensemble.

En septembre 2021, le déploiement du programme national de vaccination contre le COVID-19 en Angleterre a été étendu pour offrir une (troisième) dose de rappel, au moins 6 mois après la deuxième dose, aux travailleurs de la santé et des services sociaux, toutes les personnes âgées de plus de 50 ans et les jeunes à risque. Cette extension incluait également la vaccination des enfants d'âge scolaire plus âgés (âgés de plus de 12 ans ou égaux), qui se voyaient initialement offrir une seule dose de vaccin dans tout le Royaume-Uni. Cependant, à la mi-septembre 2021, le nombre de personnes recevant les premières doses de vaccination est tombé à son niveau le plus bas (un peu moins de 21000 doses par jour en moyenne au Royaume-Uni) depuis au moins la mi-janvier 2021 (les premières données publiquement disponibles) . Néanmoins, au 26 septembre 2021, près de 90 % des personnes âgées de 18 ans et plus en Angleterre avaient reçu leur première dose, plus de 83 % avaient reçu leur deuxième dose et 13 % avaient reçu une troisième dose de vaccin. Parmi les enfants âgés de 12 à 17 ans, 8,9 % avaient reçu une dose unique. Environ 53 % des adultes ont été vaccinés avec le vaccin ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca) et 47 % avec le vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) ou le vaccin ARNm-1273 (Moderna);3 tous les enfants vaccinés âgés de 12 à 17 ans ont reçu une dose du vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) ou ARNm-1273 (Moderna).

Début septembre 2021, les enfants âgés de 5 à 17 ans en Angleterre sont retournés à l'école, le ministère de l'Éducation ne recommandant plus qu'il soit nécessaire de garder les enfants dans des groupes incohérents (appelés bulles sociales). En outre, les écoles n'étaient plus censées effectuer la recherche des contacts, les contacts étroits dans les écoles étant désormais identifiés par le programme national de recherche des contacts (le service Test and Trace du National Health Service [NHS] du Royaume-Uni).4 Au cours de ce premier mois de retour des enfants à l'école , l'incidence des cas confirmés de SARS-CoV-2 en Angleterre enregistrés via le Pilier 2 est tombée à un niveau bas à la mi-septembre 2021, puis a de nouveau augmenté, mais dans l'ensemble, elle est restée relativement stable. Cela contraste fortement avec la situation en Écosse, où l'incidence des cas confirmés de SARS-CoV-2 a augmenté de plus de 450 % en août, à une époque où les enfants d'âge scolaire (âgés de 5 à 17 ans) L'Écosse est retournée à l'école.5 Ces tendances au niveau national (et plus local) dépendent fortement du contexte, y compris la prévalence locale et la dynamique de transmission de la variante delta, le retour à l'école, les changements dans les modèles de mixité sociale, le travail à domicile ou au bureau. , et les niveaux d'immunité induite par le vaccin et acquise naturellement.

Ici, nous décrivons la dynamique sous-jacente des modèles de prévalence du SRAS-CoV-2 en septembre 2021, en Angleterre, en analysant la positivité des écouvillons RT-PCR du quatorzième cycle de collecte de données de l'évaluation en temps réel de la transmission communautaire{{ 5}} (REACT-1) study.6,7 Dans cette série, des prélèvements de gorge et de nez ont été obtenus à partir d'un échantillon aléatoire de la population anglaise du 9 au 27 septembre 2021. Nous avons également combiné les données de la série 14 avec les données du tour 13, dans lequel des écouvillons ont été obtenus du 24 juin au 12 juillet 2021.

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Méthodes

Population étudiée

Les méthodes de l'étude REACT-1 ont été rapportées ailleurs.7 En bref : avec la collecte de données commençant le 1er mai 2020, nous avons invité dans l'étude des échantillons transversaux aléatoires de la population en Angleterre (âgés de plus de ou égal à 5 ans ). Les données ont été obtenues mensuellement sur une période de 2 à 3 semaines, sauf pour décembre 2020 et août 2021, où aucune enquête n'a été réalisée. À chaque cycle de collecte de données, des personnes nommées de la liste NHS des patients inscrits auprès d'un médecin généraliste en Angleterre ont été invitées à participer à l'étude, sur la base de listes obtenues auprès de NHS Digital.

Du 1er mai 2020 (début du tour 1) au 3 mai 2021 (fin du tour 11), nous avons visé un nombre approximativement égal de participants dans chacune des 315 autorités locales de niveau inférieur en Angleterre (combinant les îles Scilly avec Cornwall et la City de Londres avec Westminster), mais à partir du tour 12 (20 mai au 7 juin 2021), nous avons modifié la procédure d'échantillonnage pour obtenir un échantillon aléatoire proportionnel à la population au niveau de l'autorité locale de niveau inférieur. Cela a augmenté l'échantillonnage dans les zones du centre-ville à plus forte densité de population, bien que la déclaration de la prévalence n'ait pas été affectée car nous avons pondéré les données à chaque tour pour qu'elles soient représentatives de l'Angleterre dans son ensemble (décrit ci-dessous).

Tests RT-PCR et données de vaccination

Les participants ont fourni un prélèvement de gorge et de nez auto-administré (ou un parent ou un tuteur a obtenu un prélèvement pour les enfants âgés de 5 à 12 ans) en suivant des instructions écrites et vidéo. Les écouvillons ont été envoyés à un laboratoire central pour analyse par RT-PCR. L'acide nucléique extrait a été analysé pour la présence ou l'absence de SARS-CoV-2 avec le kit ViroBOAR 1·0 RT-qPCR (Eurofins Genomics, GmbH, Ebersberg, Allemagne) pour SARS-CoV{{10 }} sur le Roche Lightcycler 480 II pour détecter en parallèle deux gènes cibles : le gène N et le gène E. Le test a une spécificité proche de 100 % et une limite de détection de dix copies par microlitre. Les échantillons étaient considérés comme positifs soit si les deux gènes cibles (le gène N et le gène E) étaient détectés, soit si le gène N était détecté avec une valeur de seuil de cycle (Ct) inférieure à 37.

Pour le tour 14, nous avons modifié la façon dont les échantillons sur écouvillon étaient manipulés. Du cycle 1 (à partir du 1er mai 2020) au cycle 13 (se terminant le 12 juillet 2021), nous avons utilisé des écouvillons secs envoyés réfrigérés au laboratoire par courrier pour les tests RT-PCR. Au tour 14, nous sommes passés à des écouvillons humides dans une solution saline, qui ont ensuite été répartis au hasard sur une base 1:1 pour être envoyés par courrier (n=46 705 écouvillons valides retournés) ou par la poste (n{{12} }).

Dans le cadre de l'étude REACT-1, nous avons obtenu des données sur l'âge, le sexe, l'adresse et le code postal de résidence à partir du registre NHS, ainsi que des informations supplémentaires sur la démographie, la santé (y compris le statut vaccinal autodéclaré) et le mode de vie dérivées de un questionnaire en ligne ou par téléphone. Les participants ont été invités à donner leur consentement pour le lien avec leurs dossiers NHS, y compris les données du programme de vaccination COVID-19. Le statut vaccinal à partir du couplage des données a été dérivé en supposant qu'une dose ne serait efficace qu'à partir de 14 jours ou plus après l'injection. Les personnes non vaccinées ont donc été définies comme celles n'ayant reçu aucune dose de vaccin ou ayant reçu une dose moins de 14 jours avant l'écouvillonnage ; les personnes vaccinées à dose unique ont été définies comme celles qui ont reçu une dose 14 jours ou plus avant l'écouvillonnage et soit aucune deuxième dose, soit une deuxième dose moins de 14 jours avant l'écouvillonnage, et les personnes qui avaient reçu deux doses de vaccin ont été définies comme celles qui avaient reçu leur deuxième dose 14 jours ou plus avant l'écouvillonnage.

Séquençage du génome viral

À la suite du test RT-PCR, des échantillons positifs avec des valeurs Ct du gène N inférieures à 34 et avec suffisamment de matériel ont été congelés et envoyés pour séquençage du génome viral au Quadram Institute, Norwich, Royaume-Uni. Le protocole de séquençage ARTIC SARS-CoV-28 a été utilisé pour l'amplification de l'ARN viral et la plateforme CoronaHiT a été utilisée pour la préparation de bibliothèques de séquençage.9 Le pipeline bioinformatique ARTIC10 a été utilisé pour l'analyse des données de séquençage, et des lignées ont été attribuées avec PangoLEARN.11

analyses statistiques

Des analyses statistiques ont été effectuées dans le logiciel R (R version 4.0.5 (31/03/2021, Shake and Throw). Nous avons calculé la prévalence non pondérée du SRAS-CoV-2 par critères sociodémographiques, professionnels et autres. groupes en divisant le nombre d'écouvillons positifs (à partir de la RT-PCR) par le nombre d'écouvillons valides retournés.Nous avons utilisé la pondération de jante12 pour obtenir une prévalence pondérée pour être représentative de la population de l'Angleterre dans son ensemble.

Nous avons utilisé un modèle exponentiel de croissance ou de décroissance pour analyser les tendances de la positivité des écouvillons au fil du temps. Nous avons supposé que le nombre d'échantillons positifs (par rapport au nombre total d'échantillons) chaque jour provenait d'une distribution binomiale basée sur le jour de l'écouvillonnage ou, s'il n'est pas disponible, le jour du prélèvement de l'échantillon (courrier) ou du premier balayage de l'échantillon par le Bureau de poste, si envoyé par la poste. Nous avons estimé les intervalles crédibles postérieurs (ICr) à l'aide d'un échantillonneur bivarié sans demi-tour en supposant des distributions antérieures uniformes sur la probabilité de positivité de l'écouvillonnage au jour zéro et le taux de croissance.13 Nous avons estimé le nombre de reproduction (R) en supposant que le temps de génération était distribué gamma avec le paramètre de forme n=2·29 et le paramètre de taux =0·36 (correspondant à un temps de génération moyen de 6·29 jours).14

Nous avons ajusté un modèle bayésien à spline pénalisée (P-spline)16 aux données quotidiennes en utilisant les données de toutes les séries de REACT-1. L'estimation de la prévalence quotidienne de la positivité des écouvillons a utilisé un échantillonneur No-U-Turn dans l'espace logit, les données étant segmentées en sections d'environ 5- jours par des nœuds régulièrement espacés (fournissant un équilibre approprié entre la résolution temporelle et la faisabilité informatique), et d'autres nœuds inclus au-delà de la période d'étude pour minimiser les effets de bord. Nous avons également ajusté les P-splines aux données REACT-1 stratifiées par âge comme ci-dessus, dans lesquelles une P-spline a été ajustée séparément à chaque groupe d'âge, mais le paramètre de lissage, ρ, a été supposé être la meilleure valeur d'ajustement obtenue. pour que le modèle s'adapte à toutes les données. Pour plus de clarté, bien que les estimations soient basées sur l'ensemble de données REACT-1 complet, nous ne rapportons ici que les estimations pour les jours de collecte de la ronde 14.

Nous avons estimé l'efficacité du vaccin contre l'infection par le SARS-CoV-2 en combinant les données des séries 13 et 14 pour augmenter la puissance statistique. Nous avons estimé l'efficacité du vaccin sous la forme d'un rapport de cotes (OR) de 1, où l'OR a été obtenu à partir d'un modèle de régression logistique du risque de positivité des écouvillons chez les double-vaccinés (c'est-à-dire ceux ayant reçu deux doses, la deuxième dose étant administrée plus de 14 jours avant l'écouvillonnage) et les personnes non vaccinées, avec un ajustement pour le cycle, puis en plus pour l'âge et le sexe, et un ajustement supplémentaire pour un indice de quintile de privation multiple et d'origine ethnique. Nous avons obtenu l'approbation éthique de la recherche du comité d'éthique de la recherche de South Central-Berkshire B (Integrated Research Application System [IRAS] ID : 283787).

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Résultats

Sur 822 176 personnes invitées à participer au tour 14, 147 393 (17·9 %) se sont inscrites et 100 527 (12·2 %) ont fourni un prélèvement avec un résultat de RT-PCR valide, 87 966 (87·5 %) ayant consenti au couplage des données . Au tour 13, 841227 participants ont été invités ; 147 332 se sont inscrits et 98 233 (66,7 %) d'entre eux ont fourni un écouvillon avec un résultat de RT-PCR valide. Le regroupement des données liées des deux cycles a donné 172 862 participants, dont 102 142 (49 923 au cycle 13 et 52 219 au cycle 14) âgés de 18 à 64 ans qui ont été inclus dans nos analyses de l'efficacité des vaccins (annexe p 7). Une description des caractéristiques des participants REACT-1 des séries 13 et 14 a montré que ceux qui acceptaient le couplage des données étaient plus susceptibles d'être des hommes, âgés de 45 ans ou plus, ne vivant pas à Londres, White, d'un célibataire. foyer d'une personne et avoir présenté des symptômes liés à la COVID-19-. La plupart de ces différences étaient relativement faibles (annexe p 2). La prévalence était légèrement plus élevée et les valeurs de Ct pour les échantillons positifs légèrement inférieures dans les écouvillons collectés par courrier que dans ceux envoyés par la poste (annexe pp 3, 8).

Sur les 100527 écouvillonnages valides au cours du tour 14, 764 étaient positifs, ce qui donne une prévalence de 0·83 % (95 % CrI 0·76–{{ 57}}·89) pondérée pour être représentative de la population de l'Angleterre (annexe p 4). La prévalence pondérée la plus élevée au cours du 2021 septembre a été observée chez les adolescents âgés de 13 à 17 ans, à 2·55 % (95 % CrI 2·11–3·08), et chez les enfants âgés de 5 à 12 ans, à 2·32 % (1·96–2·73 ; tableau 1, annexe p 9). La spline P pour le tour 14, ajustée aux données de tous les tours REACT-1, indiquait une tendance stable ou croissante de la prévalence de la positivité des écouvillons (figure 1A), avec R estimé à 1·{{68} }3 (95 % CrI 0·94–1·14) pour tous les âges combinés (tableau 2). Les splines P ajustées ont indiqué une prévalence croissante entre 5 et 11 ans et une prévalence décroissante entre 18 et 54 ans (figure 1B), avec une probabilité a posteriori supérieure à 99 % que le taux de croissance diffère entre ces deux groupes. Le R correspondant était de 1·42 (95 % CrI 1·18–1·68), avec une probabilité a posteriori supérieure à 0·99 que R était supérieur à 1 à l'âge de 5 à 11 ans ; R était 0·95 (0·76–1·16), avec une probabilité a posteriori de 0·32 que R soit supérieur à 1 chez les personnes âgées de 12 à 17 ans ; et R était de 0,81 (0,68–0,97), avec une probabilité a posteriori de 0,01 que R soit supérieur à 1 chez les 18–54 ans (tableau 2).

Weighted prevalence also varied by region (table 1; appendix p 9), ranging from 0·57% (95% CrI 0·45–0·72) in the South East to 1·25% (1·00–1·57) in Yorkshire and The Humber. Within round 14, there was evidence of epidemic growth (with a posterior probability greater than 0·99 that R>1) à Londres, avec un R de 1·59 (95 % CrI 1·23–1·99), et dans les East Midlands, avec un R de 1·36 (1·05–1·73 ; tableau 2) .

Nous avons trouvé une prévalence pondérée plus élevée de positivité des écouvillons chez les participants d'origine ethnique noire, à 1·41 % (95 % CrI 0·91–2·19), par rapport à celle des participants blancs, à 0 ·78 % (0·72–0·85 ; tableau 1). Les participants vivant dans des ménages plus grands avaient une prévalence pondérée plus élevée que ceux des ménages plus petits, allant de 0·33 % (95 % CrI 0·25–0·44) pour une personne seule ménages à 1·75 % (1·24–2·46) pour les ménages de six personnes ou plus (tableau 1). La prévalence était également plus élevée dans les ménages avec un ou plusieurs enfants, à 1·37 % (95 % CrI 1·22–1·52), contre 0·40 % ({{4{ {49}}}·35–0·46) pour les ménages sans enfants ; et la prévalence pondérée était de 7,35 % (6,50–8,31) parmi ceux qui ont déclaré avoir été en contact avec un cas confirmé de COVID-19, contre 0,43 % (0,38 –0·49) parmi ceux qui n'ont pas de tels contacts (tableau 1).

En utilisant le statut vaccinal autodéclaré, nous avons trouvé une prévalence plus élevée chez les participants non vaccinés (tous âges confondus), à 1·73 % (95 % CrI 1·42–2·12), par rapport à ceux déclarant deux doses de vaccin, à {{8 }}·56 % ({{10}}·50–0·62 ; tableau 1).

Dans l'analyse de régression logistique multivariée, les travailleurs clés autres que les travailleurs de la santé et les travailleurs des foyers de soins présentaient un risque accru de positivité de l'écouvillonnage par rapport aux autres travailleurs (OR 1·35 [IC à 95 % 1·10–1·66] ; tableau 3) . La positivité des écouvillons était également plus élevée avec l'augmentation de la taille du ménage (OR mutuellement ajusté 1·77 [IC à 95 % 1·44–2·17] pour les ménages de trois à cinq personnes et 2·37 [1·62–3·47] pour les ménages de six personnes ou plus), par rapport aux ménages d'une ou deux personnes.

Nous avons regroupé les données vaccinales liées des cycles 13 et 14 (172 862 participants au total, 19 325<18 years,="" 102142="" aged="" 18–64="" years,="" and="" 51395="" aged="" ≥65="" years).="" because="" of="" the="" relatively="" small="" numbers="" of="" individuals="" vaccinated="" below="" the="" age="" of="" 18="" years,="" corresponding="" participants="" (n="19325)" were="" excluded="" from="" our="" vaccine="" effectiveness="" analyses.="" weighted="" prevalence="" was="" higher="" for="" those="" who="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" than="" for="" those="" whose="" second="" dose="" was="" up="" to="" 3="" months="" before="" their="" swab="" (0·55%="" [95%="" cri="" 0·50–0·61]="" vs="" 0·35%="" [0·31–0·40];="" figure="" 2a;="" appendix="" p="" 5).="" the="" weighted="" prevalence="" for="" individuals="" whose="" second="" dose="" was="" administered="" more="" than="" 6="" months="" before="" their="" swab="" was="" similar="" to="" that="" of="" those="" vaccinated="" within="" 3–6="" months="" of="" their="" swab,="" at="" 0·52%="" (95%="" cri="" 0·33–0·78),="" but="" with="" a="" wider="" credible="" interval.="" the="" age="" distribution="" of="" participants="" by="" vaccination="" status="" indicated,="" as="" expected="" from="" the="" age-based="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" aged="" 35="" years="" and="" older="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses="" compared="" to="" those="" who="" had="" received="" a="" single="" dose,="" or="" those="" who="" were="" unvaccinated="" (appendix="" p="" 5).="" nevertheless,="" among="" those="" who="" had="" received="" two="" vaccine="" doses,="" we="" observed="" similar="" age="" distributions="" in="" people="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" or="" more="" than="" 6="" months="" before="" swabbing.="" regardless,="" in="" individuals="" aged="" 18="" years="" and="" older="" with="" linked="" data="" on="" vaccination="" status,="" the="" weighted="" prevalence="" in="" unvaccinated="" people,="" at="" 1·76%="" (95%="" cri="" 1·60–1·95),="" was="" three="" to="" five="" times="" higher="" than="" in="" double-vaccinated="" individuals,="" at="" 0·47%="" (0·43–0·51).="" reflecting="" the="" rollout="" of="" the="" vaccine="" program="" in="" england,="" a="" higher="" proportion="" of="" individuals="" who="" were="" unvaccinated="" or="" who="" had="" a="" single="" dose="" of="" the="" vaccine="" were="" younger="" (≤54="" years)="" than="" those="" with="" two="" doses="" (figure="" 2b;="" appendix="" p="" 5).="" however,="" in="" double-vaccinated="" participants,="" there="" was="" an="" apparent="" trend="" of="" increasing="" weighted="" prevalence="" in="" each="" age="" group="" for="" those="" who="" had="" received="" their="" second="" dose="" 3–6="" months="" before="" their="" swab="" compared="" to="" those="" who="" were="" vaccinated="" up="" to="" 3="" months="" before="" (figure="">

Les estimations de l'efficacité du vaccin ont été dérivées avec l'ensemble de données liées pour les cycles 13 et 14 combinés pour les personnes âgées de 18 à 64 ans uniquement, puisque peu de personnes de plus de 65 ans n'étaient pas vaccinées (1,1 %) et, comme indiqué, peu de personnes de moins de 18 ans. ans ont été vaccinés (6,3 % dans les séries 13 et 14 combinées). Pour tous les individus âgés de 18 à 64 ans et tous vaccins confondus, l'efficacité du vaccin contre l'infection était de 66,3 % (IC à 95 % 55,3–74,7), avec ajustement pour le cycle, et de 62,8 % (49,3– 72·7) dans le modèle entièrement ajusté. Les estimations ponctuelles d'efficacité du vaccin entièrement ajustées pour les vaccins BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) et ARNm-1273 (Moderna) étaient comparables (71·3 % contre 75·1 %, avec un intervalle de confiance beaucoup plus large pour l'ARNm{{34 }} [Moderna] en raison d'un plus petit nombre d'observations), et supérieur à celui estimé pour le vaccin ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca) (44·8 %). Cependant, les différences dans les estimations de l'efficacité du vaccin par type de vaccin n'ont pas atteint une signification statistique à un niveau de signification de 0·05. L'inclusion d'un terme d'interaction pour le vaccin par cycle n'a pas suggéré que les effets aient été modifiés au cours des cycles 13 et 14 (données non présentées). Les estimations de l'efficacité du vaccin dans les modèles limités aux cas symptomatiques étaient similaires à celles des modèles qui comprenaient également des cas asymptomatiques (tableau 4).

Les lignées des 475 échantillons (62,2 %) séquencés parmi les 764 écouvillons positifs étaient toutes des variantes delta ou des sous-lignées du delta. AY.4 était la sous-lignée la plus détectée, représentant 61,5 % (IC à 95 % 57·0–65·7) des échantillons séquencés, et il y avait sept échantillons avec des mutations à pointe unique d'intérêt telles que définies par Public Health England (maintenant UK Health Security Agency) : Glu484Lys, Asn501Tyr, Phe490Ser, Arg246Gly, Val483Phe, Pro251Leu et Gln613His (annexe p 6). Nous avons identifié 22 échantillons (huit avec la lignée B.1.617.2 et 14 avec la lignée AY.4), y compris la mutation Tyr145His dans la protéine de pointe, associée à la sous-lignée delta AY.4.2, correspondant à 4·63 % (IC à 95 % 3·07–6·91) de toutes les lignées déterminées.

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Discussion

Dans ce quatorzième cycle de l'étude REACT-1, nous avons constaté une prévalence élevée et croissante de la positivité des écouvillons SARS-CoV-2 chez les enfants d'âge scolaire en Angleterre en septembre 2021, reflétant une mixité sociale accrue des enfants comme ils ont fréquenté l'école pour le trimestre d'automne. Dans le même temps, nous avons constaté une diminution de la prévalence chez les adultes jeunes à d'âge moyen (18 à 54 ans). Cette observation pourrait refléter l'effet d'une infection naturelle antérieure, en particulier chez les jeunes adultes chez qui les taux d'infection ont été élevés,17 et la poursuite du déploiement du programme de vaccination en Angleterre. À partir d'avril 2021, le programme national de vaccination contre la COVID-19 a été élargi pour inclure les adultes de moins de 50 ans,18 une dose unique de vaccin pour les adolescents plus âgés (âgés de 16 à 17 ans) à partir d'août 2021 et une dose unique pour les enfants âgés de 12–15 ans à partir de mi-septembre 2021.

Du milieu à la fin décembre 2021, tous les enfants âgés de 12 ans et plus se voient offrir une deuxième dose de vaccin, et une troisième dose (rappel) est en cours de déploiement auprès de la population adulte âgée de 18 ans et plus. Comme dans notre précédent rapport19 (série 13), nous avons constaté que tous les écouvillons séquencés étaient de la variante delta et de ses sous-lignées, indiquant un remplacement presque complet de l'alpha et des autres variantes par delta en Angleterre à cette époque. Nous avons détecté une mutation Glu484Lys d'échappement potentielle, qui se traduit par environ 984 infections de ce type en Angleterre avec une limite de confiance inférieure à 95 % de 159. Dans l'ensemble, il y avait sept échantillons avec des mutations à pointe unique d'intérêt, telles que définies par Public Health England. 22 échantillons supplémentaires comprenaient la mutation Tyr145His dans la protéine de pointe associée à la sous-lignée AY.4.2.

La proportion AY.4 correspondante de 4,63 % (IC à 95 % 3·07–6·91) dans toutes les lignées est conforme aux 6 % de cas signalés par Public Health England au cours de la semaine commençant le 27 septembre 2021.20 La vaccination a s'est avéré très efficace contre les complications graves du COVID-19, y compris les hospitalisations et les décès, mais la protection contre l'infection est moins claire. Bien que des estimations de l'efficacité du vaccin contre l'infection allant jusqu'à 90 % aient été rapportées, sur la base de tests de routine sur des personnes symptomatiques,21 nous rapportons ici une estimation de l'efficacité du vaccin contre l'infection de 63 % à partir des séries 13 et 14 de REACT-1, lorsque la variante delta dominait.

Ce résultat est similaire à ce qui a été rapporté dans les données liées pour les cycles 13 seuls,19 mais en combinant les données des cycles 13 et 14, nous avons également pu estimer l'efficacité du vaccin pour le ChAdOx1 nCov-19 (Oxford– AstraZeneca) et les vaccins BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) séparément. Bien que les intervalles de confiance se chevauchent, nos résultats suggèrent une plus grande efficacité contre l'infection avec le vaccin BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) qu'avec le vaccin ChAdOx1 nCov-19 (Oxford–AstraZeneca). De plus grandes différences entre les vaccins ont été signalées dans une étude précédente,22 et par Public Health England (maintenant UK Health Security Agency [UK HSA]) sur la base de tests de routine de cas symptomatiques.23 Néanmoins, il convient de noter que l'efficacité du vaccin est spécifique à la population. et le temps afin que ces estimations reflètent les performances des vaccins en Angleterre pendant une période spécifique (c'est-à-dire de juin à septembre 2021). Depuis lors, la variante omicron (B.1.1.529) était devenue dominante en Angleterre en décembre 2021, des études menées par UK HSA indiquant une efficacité vaccinale inférieure contre l'infection symptomatique pour omicron par rapport au delta.24

Notre étude montre que la prévalence de la positivité des écouvillons chez les personnes non vaccinées (y compris tous les enfants âgés de 5 à 11 ans) ou chez les personnes ayant reçu une dose de vaccin (y compris les enfants âgés de 12 à 17 ans) était trois à quatre fois plus élevée que chez les personnes doublement vaccinées. , mais suggère également que la prévalence de la positivité des écouvillons indiquant des infections percées après une vaccination à deux doses pourrait augmenter après 3 à 6 mois. De plus, nous avons constaté que les personnes vivant dans des ménages plus grands et les personnes vivant dans des ménages avec enfants avaient des taux de positivité des écouvillons plus élevés que ceux des ménages plus petits ou ceux sans enfant dans le ménage. La découverte des niveaux de prévalence pondérés les plus élevés dans la positivité des écouvillons au cours du cycle 14 chez les enfants âgés de 5 à 11 ans et de 12 à 17 ans soulève des inquiétudes pour les enfants cliniquement extrêmement vulnérables ainsi que pour les contacts étroits cliniquement extrêmement vulnérables, y compris les membres du ménage et le personnel scolaire.

À partir de fin décembre 2021, les enfants cliniquement vulnérables âgés de 5 à 11 ans se verront proposer deux doses de vaccin. On s'inquiète également des effets sur l'éducation du grand nombre d'enfants qui doivent être non scolarisés lorsqu'ils sont testés positifs en raison des taux élevés d'infection par le SRAS-CoV-2. La constatation que la prévalence était plus de trois fois plus élevée pour les personnes vivant dans des ménages avec un ou plusieurs enfants que chez les personnes vivant dans des ménages sans enfants suggère que les infections chez les enfants, sans surprise, se sont propagées à d'autres groupes d'âge. Des charges virales plus élevées associées à la variante delta chez les individus plus jeunes par rapport aux variantes antérieures25–27 pourraient également augmenter l'efficacité de la transmission des enfants et donc contribuer à des infections plus élevées au sein du ménage. Au 27 septembre 2021, seuls 1 214 (6,3 %) enfants âgés de 12 à 17 ans avaient été vaccinés dans le cadre de l'étude REACT-1, ce qui ne permettait pas d'étendre de manière significative nos analyses de l'efficacité du vaccin à ce groupe d'âge dans tour 14.

D'autres études sur l'efficacité du vaccin sont justifiées compte tenu de l'augmentation rapide des infections à omicron en Angleterre à partir de décembre 2021 et du déploiement de vaccinations à double dose chez les écoliers âgés de 12 à 15 ans, de doses de rappel à 16-17 ans et chez les adultes. âgés de 18 ans et plus. De plus, des études communautaires telles que REACT-1 permettent d'estimer l'efficacité du vaccin contre l'infection chez les personnes atteintes d'infections asymptomatiques et symptomatiques. Bien qu'à la suite de la campagne de vaccination, il y ait eu un découplage relatif entre les infections par le SARS-CoV-2 et les admissions et décès à l'hôpital en Angleterre,2 des inquiétudes subsistent quant à la possibilité que des taux d'infection élevés et une immunité incomplète de la population entraînent un risque accru de complications graves du COVID-19. L'Angleterre, comme le reste du Royaume-Uni et plusieurs autres pays (notamment Israël28), s'est lancée dans une campagne visant à déployer des troisièmes doses (de rappel) à partir d'octobre 2021, en Angleterre. Cela impliquait initialement de prioriser les adultes âgés de 50 ans et plus, les travailleurs de la santé et de l'aide sociale et les jeunes à risque, mais le déploiement a ensuite été étendu à tous les adultes âgés de 18 ans et plus à partir de fin décembre 2021.29 Suivi continu de la épidémique en Angleterre et ailleurs sera important pour évaluer dans quelle mesure les doses de rappel chez les adultes et la vaccination chez les enfants réduisent la transmission de nouvelles variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 telles que la variante omicron.

Notre étude a des limites. Depuis que l'étude REACT-1 a commencé la collecte de données en mai 2020, nous avons observé une réduction progressive des taux de réponse, passant de 30,5 % au premier tour à 11,7 % au tour 13. Cependant, au tour 14, la réponse le taux a légèrement augmenté à 12,2 %. Cette augmentation, bien que faible, est encourageante. Il se pourrait que d'autres changements apportés à l'enquête augmentent davantage la participation. Le passage à l'utilisation d'écouvillons humides dans une solution saline et la collecte d'échantillons sans la chaîne du froid (par la poste ou par coursier) pourraient avoir affecté la sensibilité du diagnostic. Nous avons été rassurés par les différences limitées entre les échantillons collectés par la poste et par coursier.

Cependant, étant donné que le système exact utilisé lors des cycles précédents (écouvillons secs et chaîne du froid soutenue) n'a pas été comparé à l'intérieur, nous n'avons pas pu estimer l'impact de la nouvelle approche par rapport à celui utilisé lors des cycles précédents. Une autre limite est que nous ne disposons pas de données précises sur le statut vaccinal de tous les participants. Bien que le consentement pour le couplage des données ait été à un niveau élevé (87,5 % lors de la série 14), tous les participants n'ont pas consenti au couplage avec leurs enregistrements NHS, qui incluent les données du programme de vaccination COVID-19. Pour ceux dont les données ne sont pas couplées, les données sur les dates de vaccination et le type de vaccin sont soit manquantes soit moins fiables que dans les données couplées ; par conséquent, nous avons basé nos estimations de l'efficacité du vaccin sur le sous-ensemble de participants avec des enregistrements liés. Cette approche pourrait avoir introduit un biais dans la mesure où ceux qui consentent et ceux qui ne consentent pas au couplage des données pourraient différer de manière importante, comme les modèles de mixité sociale, qui pourraient affecter le risque d'infection.

De plus, pour nos estimations de l'efficacité du vaccin par type de vaccin, même si nous avons contrôlé l'âge et le cycle dans notre échantillon, l'amplitude des différences entre les vaccins pourrait être exagérée. En effet, il existait différents schémas d'administration du vaccin selon l'âge (le vaccin ChAdOx1 n Cov-19 [Oxford–AstraZeneca] ayant été principalement administré à des personnes âgées de plus de 40 ans) ainsi que des différences dans dynamique de transmission pour les tranches d'âge qui ont reçu les différents vaccins. REACT-1 n'était pas sur le terrain en août 2021, il y a donc eu un retard de près de 2 mois entre la fin du tour 13 le 12 juillet et le début du tour 14 le 9 septembre 2021.

Bien qu'il soit possible que les estimations de l'efficacité du vaccin puissent varier au cours de cette période, nous n'avons trouvé aucune preuve d'une interaction entre les effets de la ronde et du vaccin. En conclusion, nous avons trouvé des preuves de la prévalence croissante de la positivité des écouvillons chez les enfants d'âge scolaire ainsi qu'une prévalence plus élevée de la positivité des écouvillons 3 à 6 mois après la vaccination en deux doses contre le COVID-19 chez les adultes. Les efforts en cours pour vacciner les enfants d'âge scolaire et administrer une dose de rappel à tous les adultes âgés de 18 ans et plus devraient aider à contrecarrer toute réduction de l'immunité aux niveaux individuel et de la population. Pendant la saison hivernale en Angleterre, le NHS est généralement soumis à la pression de la grippe et d'autres virus, et cela a été exacerbé en décembre 2021, par l'augmentation rapide des infections à omicron. Il est donc important que le programme de vaccination maintienne une couverture élevée, y compris des rappels, et atteigne des proportions élevées d'enfants et d'adultes non vaccinés ou partiellement vaccinés afin de réduire la transmission du SRAS-CoV-2 et les perturbations associées au travail et à l'éducation.

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Références

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