Petites GTPases des familles Rab et Arf : régulateurs clés du trafic intracellulaire dans la neurodégénérescenceⅢ
Mar 29, 2023
3. Arf GTPases dans la neurodégénérescence
Les Arf GTPases appartiennent à une famille de 29 membres classés en différentes sous-familles : Arf1- 6, Arf-like protein (Arl), SARs et Trim23 [9,126,127]. Les Arf GTPases se différencient des familles Ras, Rho et Rab car elles possèdent une extension N-terminale d'environ 14 acides aminés qui peuvent être modifiées de manière covalente. À cet égard, les Arf GTPases peuvent être N-myristoylées alors que les Arl GTPases peuvent être myristoylées, palmitoylées ou acétylées [9]. Les Arf GTPases contrôlent les processus cellulaires tels que le trafic bidirectionnel des membranes (sécrétion et endocytose), le métabolisme des lipides, la motilité, la division, l'apoptose et la transcription des gènes [9,127].

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Cependant, leur rôle principal est le recrutement de protéines et de complexes d'enveloppe lors de la formation des vésicules dans le trafic membranaire, en particulier dans le Golgi [9]. Ainsi, les Arf GTPases, ainsi que leurs GEF et GAP, sont localisées dans la membrane plasmique, les endosomes, les gouttelettes lipidiques, les mitochondries et les lysosomes [9].
Comme toutes les GTPases de la superfamille Ras, l'activité des GTPases Arf est régulée par les GEF, les GAP et les GDI. Chez l'homme, 15 Arf GEFs ont été décrits, et sont classés en six familles selon leurs domaines : GBF, BIGs, Cytohésines, EFA6/Psd, BRAG/IQSec et FBX [9]. Tous partagent en commun le domaine catalytique Sec7 [9,128,129]. Concernant les Arf GAPs, ils sont classés en 10 sous-types : ArfGAP1, ArfGAP2/3, ADAP1/2, SMAP1/2, AGFG1/2, GIT1/2, ASAP1-3, ACAP1-3, ARAP{ {21}} et AGAP1-11 [130–132]. Ils sont caractérisés par leur domaine catalytique Arf GAP, bien qu'il ait été démontré qu'une famille de protéines connue sous le nom d'ELMOD possède une activité GAP envers certaines Arf GTPases sans avoir le domaine Arf GAP [133–135].
De plus, les Arf GTPases peuvent être régulées par des modifications post-traductionnelles telles que la phosphorylation ou l'ubiquitination [9]. Divers Arf GEF et GAP ont été décrits comme jouant un rôle important dans le système nerveux. Par exemple, il a été démontré que l'Arf6 GAP, également connu sous le nom d'ACAP3, régule la croissance des neurites dans les neurones de l'hippocampe chez la souris [136]. Arf6 EFA6 GEF est impliqué dans l'arborisation des dendrites et la formation des épines dendritiques [137].

De plus, des mutations du GEF BRAG1/IQSec2 ont été associées à une déficience intellectuelle non syndromique liée à l'X [138]. Un autre exemple est que les souris avec un affichage knock-out GEF BIG1 spécifique aux cellules de Schwann ont réduit l'épaisseur de la myéline [139]. Toutes ces études démontrent l'importance fondamentale des Arf GTPases, ainsi que de leurs régulateurs dans le système nerveux. Concernant les principales molécules effectrices de l'Arf GTPase, ce sont des composants du revêtement des vésicules, tels que COP I, les protéines adaptatrices (AP), GGA et MINT, qui sont les plus étudiées [140]. COP I est un complexe protéique de revêtement de vésicule [141]. AP-1, AP-3 et AP-4 sont des protéines adaptatrices de clathrine [9,140]. Les GGA participent au TGN. Enfin, les MINTs interagissent avec Munc18, une protéine neuronale nécessaire à l'exocytose des vésicules synaptiques [142].
Les Arf GTPases ont été corrélées à des pathologies du système nerveux, telles que la SLA, les maladies rétiniennes et la maladie de Creutzfeldt-Jakob [143]. De plus, les Arf GTPases sont associées à AD, car les MINT régulent le trafic APP [35] et les GGA interagissent avec BACE1 pour contrôler le traitement APP [144] (Figure 3).
3.1. Trafic et traitement Arf/MINT et APP
Les MINT sont une famille de trois protéines qui sont spécifiquement exprimées dans le tissu neuronal. Ce sont des composants essentiels pour la fusion des vésicules synaptiques neuronales [142,145]. Les protéines MINT se lient directement à Arf-GTP et colocalisent avec APP dans les régions TGN [35]. La surexpression de MINT dans les cellules HEK293 a augmenté les niveaux de protéine APP médiée par la Arf GTPase [35]. À l'inverse, le silençage spécifique de l'ARNsi de MINT3 dans les cellules HeLa a réduit les niveaux de protéines APP. Cela a démontré que l'axe Arf/MINT contrôle le trafic APP [35]. Une autre étude a démontré que MINT3 colocalisait avec l'APP dans des vésicules purifiées contenant de l'APP dans la lignée cellulaire de neuroblastome SH-SY5Y [146]. Le siRNA de MINT3 a eu un impact sur le trafic de l'APP, ainsi que sur son traitement, induisant une augmentation de la sécrétion d'A 1-40 [146].
Récemment, une étude sur la lignée cellulaire de neuroblastome de souris N2a/APP695 a démontré que le traitement à l'huile de coco réduisait les niveaux d'ARNm et de protéines d'Arf1. De plus, leurs résultats ont montré que les niveaux de sécrétion A 1-40 y A 1-42 étaient diminués [36]. Toutes ces études suggèrent que l'Arf GTPase, avec sa molécule effectrice MINT3, pourrait être une cible thérapeutique pour aider à réguler la sécrétion A pathognomonique dans la MA.

3.2. Arf/GGA/BACE1
Les GGA participent au transport et au tri des protéines dans le TGN [147]. L'une des fonctions les mieux étudiées des GGA est de diriger le transport des protéines ubiquitinées vers la voie endolysosomale, car elles possèdent des sites de liaison à l'ubiquitine [148-150]. Il a été décrit que GGA3 se lie à la sécrétase BACE1 ubiquitinée pour réguler sa dégradation protéasomique [151]. À cet égard, l'expression ectopique de GGA3 dans les cellules de neurogliome H4 knock-out GGA 3- a bloqué l'accumulation de BACE1, ainsi que la sécrétion d'A 1-40 [151]. Par conséquent, la potentialisation de l'activité de l'axe Arf/GGA3 pourrait réduire les niveaux de BACE1 et par conséquent, la sécrétion A. Néanmoins, une étude a démontré dans des cellules HEK293 cotransfectées avec APP695 et BACE, que GGA1 séquestre APP avec BACE1 dans le Golgi [152].
Par conséquent, BACE1 traite APP augmentant les niveaux de CTF. Curieusement, ni les niveaux intracellulaires ni la sécrétion de A 1-40 n'ont été augmentés. Les auteurs ont supposé que GGA1 séquestre l'APP dans l'appareil de Golgi avec BACE1, où le -clivage a lieu, et GGA1 empêche également ces fragments de CTF d'être transportés et traités par la -sécrétase. De cette manière, bien que le CTF soit augmenté, GGA1 régulerait négativement son traitement par la -sécrétase et, par conséquent, la génération de A 1-40 [152]. Dans la même lignée, une autre étude sur les lignées cellulaires HEK293 et N2a a montré que la surexpression de GGA entraînait une réduction de la sécrétion des APP alpha solubles (sAPP ), sAPP et A . SiARN siRNA de GGA a inversé cet effet [144].
3.3. Arl8 et la neuroprotection contre A
L'Arl8 GTPase favorise le trafic pré-synaptique des macromolécules vésiculaires et endocytaires vers les lysosomes [153, 154]. Diverses molécules effectrices sont recrutées dans les membranes lysosomales par Arl8-GTP [155]. Par exemple, le complexe HOPS est responsable de la fusion des compartiments dans la voie endocytaire tardive [153, 156, 157]. Une autre molécule effectrice décrite pour Arl8 chez les mammifères est SKIP/PLEKHM2, qui est une protéine de liaison qui recrute la kinésine-1 dans les membranes lysosomales [155,158]. Il a été décrit que le silence de l'expression d'Arl8 dans les neurones de C. elegans provoque une neurodégénérescence médiée par A [37]. Au contraire, la surexpression d'Arl8 a partiellement bloqué cette neurodégénérescence.
Les auteurs ont démontré que le rôle neuroprotecteur d'Arl8 dépendait de son état d'activation. L'ArlQ75L constitutivement actif a partiellement réduit la neurodégénérescence, alors que l'ArlT34N dominant négatif n'a eu aucun effet protecteur [37]. Les auteurs suggèrent qu'Arl8 pourrait inhiber les processus neurodégénératifs par l'activation de l'autophagie [37, 159].
3.4. ArfGAP1/LRRK2
LRRK2 est une protéine multidomaine qui présente une activité kinase ainsi qu'une activité GTPase [160], décrite comme étant contrôlée par ArfGAP1 dans HEK293 et des extraits de cerveau de souris [161]. La régulation ArfGAP1/LRRK2 est réciproque, car LRRK2 peut phosphoryler ArfGAP1 et augmenter son activité. De plus, ArfGAP1, en plus d'activer l'hydrolyse du GTP, a également augmenté l'activité de la kinase LRRK2, suggérant que l'activité d'ArfGAP1 pourrait être impliquée dans cette activation de la kinase [161]. On sait que les neurones primaires des souris LRRK2G2019S présentent une rétraction des neurites. Stafa et ses collaborateurs ont sauvé ce phénotype en faisant taire ArfGAP1 [161]. Par conséquent, ce GAP pourrait être une cible thérapeutique possible pour la MP [161].
4. Perspectives d'avenir
Le but des médicaments utilisés pour le traitement de la MA et de la MP est d'améliorer la cognition et d'améliorer les symptômes. Ainsi, les médicaments approuvés par la FDA pour les deux maladies comprennent les inhibiteurs de la cholinestérase et les antagonistes des récepteurs N-méthyl D-aspartate (NMDA) [162]. Cependant, les traitements symptomatiques ne frappent pas l'origine et l'évolution de la maladie. À cet égard, certaines approches sont actuellement à l'étude pour diminuer la production d'A, réduire l'agrégation ou améliorer sa clairance d'une part, et inhiber la phosphorylation de Tau d'autre part [162], et de nouveaux médicaments dopaminergiques sont actuellement testés pour la MP [162 ].
Les deux maladies, AD et PD, partagent des caractéristiques communes telles que la génération et l'accumulation de peptides toxiques. Néanmoins, quelques études se concentrent sur le rôle du trafic membranaire et vésiculaire dans la génération, l'accumulation et la clairance de ces peptides. Plus précisément, la position des GTPases Rab et Arf dans ces processus devrait faire l'objet d'une plus grande attention, et les cibler pourrait être une approche thérapeutique prometteuse. Une stratégie pourrait être de moduler l'activité Rab et Arf GTPase en fonction de leur état dans la pathologie. L'expression de formes constitutivement actives ou dominantes négatives de ces GTPases peut être une autre alternative.
Par exemple, ArlQ75L constitutivement actif a réduit la neurodégénérescence induite par A chez C. elegans [37]. Un autre exemple est la forme dominante-négative de Rab7A, qui a partiellement bloqué la sécrétion de Tau [29]. De plus, le ciblage de l'expression par des techniques de siRNA silencing pourrait servir de stratégie thérapeutique. Le silençage de Rab7A par l'ARNsi s'est également avéré efficace dans la réduction de la sécrétion de Tau [29]. Une étude récente a laissé entendre que la modification des GTPases Arf pourrait être une approche réalisable. Le traitement à l'huile de coco dans les cellules N2a/APP695 a réduit les niveaux d'ARNm et de protéines Arf1, ce qui a entraîné une diminution des niveaux de sécrétion A 1-40 et A 1-42 [36].
De plus, cibler les PTM qui permettent aux GTPases de s'ancrer aux membranes cellulaires pourrait être une approche prometteuse dans le cas des familles Rab et Arf, car ce sont des régulateurs clés du trafic membranaire et vésiculaire. Cette stratégie a déjà prouvé son efficacité dans d'autres familles de la superfamille Ras [5,163]. Par exemple, l'inhibition des PTM de la famille Rho par la lovastatine favorise la réparation de la myéline [163]. La régulation des GEF, GAP et GDI qui contrôlent des GTPases Rab et Arf spécifiques pourrait constituer une approche supplémentaire pour le traitement des maladies neurodégénératives. Enfin, les peptides qui interfèrent avec les interactions protéine-protéine entre les GTPases et leur molécule effectrice respective constituent une alternative prometteuse, car des interactions spécifiques peuvent être inhibées sans affecter l'interaction de la GTPase avec d'autres molécules effectrices [5]. Le problème réside dans le fait que certaines GTPases Rab et Arf peuvent parfois avoir un rôle neuroprotecteur, alors qu'à d'autres moments elles peuvent être neurotoxiques.
Par exemple, il a été démontré que la surexpression de Rab5 augmente la sécrétion de A 1-40 et A 1-42 [22] et que Rab7 semble contribuer à la sécrétion de Tau [29]. Cependant, le trafic endolysosomal contrôlé par Rab5 et Rab7 semble favoriser la clairance de A [23,24]. Un autre exemple est Rab1.

Alors que Rab1 a été décrit pour empêcher la fragmentation de l'AG [16, 17], il a récemment été rapporté qu'il induirait peut-être cette fragmentation dans les neurones de patients humains atteints de MP [18]. La présence de GTPases aux rôles opposés dans les maladies neurodégénératives complique encore le développement d'approches thérapeutiques. L'état pathologique d'activation dans chaque cas spécifique doit être pris en considération lorsqu'on se concentre sur les petites GTPases comme cibles thérapeutiques. De plus, il est important de décrire l'ensemble de la cascade de signalisation contrôlée par chaque GTPase dans chaque état pathologique spécifique avant de considérer une GTPase comme cible thérapeutique.
Alors que de nombreuses cascades de signalisation sont décrites dans la neurodégénérescence des familles Ras et Rho [5], les voies contrôlées par les familles Rab et Arf nécessitent une étude plus approfondie. Ainsi, la description de l'axe exact contrôlant chaque réponse toxique nous aiderait à identifier des objectifs thérapeutiques. Compte tenu de cela, le domaine devrait progresser dans la description des cascades de signalisation précises contrôlées par les GTPases Rab et Arf dans la neurodégénérescence pour détecter des cibles potentielles. Cependant, non seulement il est important de décrire les cascades de signalisation, mais l'identification de l'emplacement du pool spécifique qui est activé dans une cellule est également pertinente [5]. De plus, l'implication des cellules gliales ne doit pas être négligée.
La plupart des études sur les GTPases Rab et Arf ont été réalisées dans des cellules neuronales, ignorant l'implication des cellules gliales dans la pathogenèse des maladies neurodégénératives. Par exemple, les cellules microgliales présentent un volume élevé de trafic membranaire car elles participent activement à la clairance des agrégats de protéines. Par conséquent, les méthodes ciblant spécifiquement les cellules gliales pourraient être une option thérapeutique prometteuse. Outre l'accent mis sur la recherche de thérapies, les études devraient se concentrer sur la recherche d'une détection précoce des maladies neurodégénératives. Par exemple, un diagnostic précoce basé sur une biopsie liquide améliorerait le résultat des maladies neurodégénératives et les chercheurs tentent actuellement de trouver des biomarqueurs pour une détection précoce [164].
Cependant, si le biomarqueur doit être présent dans le sang, il doit être capable de traverser la barrière hémato-encéphalique [165]. Un autre problème est que la concentration du biomarqueur dans le sang pourrait être plus faible que dans le liquide céphalo-rachidien ; par exemple, les concentrations de A sont 10- fois plus faibles dans le plasma [165]. Ainsi, des techniques hautement sensibles seraient nécessaires pour la détection de biomarqueurs dans le sang. Malgré ces défis, le diagnostic basé sur la biopsie liquide sera bientôt réalisé dans le domaine des maladies neurodégénératives [164].
5. Conclusiondes ions
La superfamille Ras des GTPases a longtemps été ignorée en tant qu'acteurs potentiels dans les maladies neurodégénératives. Récemment, nous avons examiné le rôle des familles Ras et Rho, ainsi que leurs molécules régulatrices et effectrices, en tant que participants potentiels dans la pathogenèse de la neurodégénérescence [5]. En ce qui concerne les GTPases Rab et Arf, le domaine est moins exploré et très peu d'études ont associé ces commutateurs moléculaires à AD et PD. Cependant, ces études indiquent clairement que les familles Rab et Arf sont impliquées dans la pathogenèse des maladies neurodégénératives. Dans un concept large, les Rab GTPases dans des conditions physiologiques sont responsables du transport vésiculaire et du trafic membranaire [38].
Ils contrôlent l'intégrité de l'AG, le traitement et le trafic de peptides toxiques tels que l'APP, et le transport axonal de protéines telles que les récepteurs membranaires et l'autophagie. Concernant les Arf GTPases, leur fonction principale est de contrôler la formation des vésicules, bien qu'elles soient également des régulateurs du trafic bidirectionnel de la membrane [9]. Ils gèrent ainsi le trafic de protéines telles que APP et BACE1. Nous espérons que les recherches futures nous permettront de caractériser l'ensemble des cascades de signalisation contrôlées par les GTPases Rab et Arf dans la neurodégénérescence, ce qui, espérons-le, facilitera le développement de stratégies thérapeutiques. Cependant, il faut souligner que la plupart des études ont été réalisées sur des cellules neuronales, ignorant l'implication des cellules gliales dans la pathogenèse de la neurodégénérescence. Ainsi, le rôle de ces GTPases dans la MA et la MP devrait être étudié non seulement dans les neurones mais dans le système nerveux dans son ensemble.
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