Spike et Nsp6 sont des déterminants clés de l'atténuation du SRAS-CoV-2 Omicron BA.1

La variante Omicron du SRAS-CoV-2 est plus évasive sur le plan immunitaire et moins virulente que les autres variantes virales majeures qui ont été reconnues jusqu'à présent1-12. La protéine Omicron Spike (S), qui présente un nombre inhabituellement élevé de mutations, est considérée comme le principal moteur de ces phénotypes. Ici, nous avons généré un SARS-CoV chimérique recombinant-2 codant pour le gène S d'Omicron (lignée BA.1) dans le squelette d'un isolat ancestral du SARS-CoV-2, et avons comparé ce virus avec l'Omicron circulant naturellement. une variante. Le virus Omicron S-bearing a échappé de manière robuste à l’immunité humorale induite par le vaccin, principalement en raison de mutations dans le motif de liaison au récepteur ; cependant, contrairement à l'Omicron naturel, il se réplique efficacement dans les lignées cellulaires et les cellules pulmonaires distales de type primaire. De même, chez les souris K18-hACE2, bien que le virus Omicron S ait provoqué une maladie moins grave que le virus ancestral, sa virulence n’a pas été atténuée au niveau d’Omicron. Une enquête plus approfondie a montré que la mutation de la protéine non structurelle 6 (nsp6) en plus de la protéine S était suffisante pour récapituler le phénotype atténué d'Omicron. Ceci indique que bien que la fuite vaccinale d’Omicron soit due à des mutations dans S, la pathogénicité d’Omicron est déterminée par des mutations à la fois à l’intérieur et à l’extérieur de la protéine S.

cistanche tubulosa-améliorer le système immunitaire

Depuis décembre 2022, les vagues successives de la pandémie de COVID-19 ont été provoquées par cinq variantes majeures du SRAS-CoV-2, connues sous le nom de variantes préoccupantes (VOC) : Alpha (B.1.1.7) , Beta (B.1.351), Gamma (P.1), Delta (lignées B.1.617.2 et AY) et Omicron (lignées BA)13. Omicron est le COV reconnu le plus récemment et a été documenté pour la première fois en Afrique du Sud, au Botswana et par un voyageur sud-africain à Hong Kong en novembre 2021 (ID GISAID : EPI_ISL_7605742)14, 15. Il a rapidement balayé le monde, remplaçant en quelques semaines la variante Delta, auparavant dominante, et représentant la plupart des nouvelles infections par le SRAS-CoV-2 en janvier 2022 (réf. 16-18). Au moins cinq lignées d'Omicron ont jusqu'à présent été identifiées : BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. BA.1 (ci-après dénommé Omicron) présente une évasion remarquable de l’immunité humorale induite par l’infection et le vaccin3,19. De plus, il est moins virulent que les autres COV chez l’homme et les modèles d’infection in vivo4,5,7,11,12,20. Omicron diffère du prototype d'isolat du SRAS-CoV-2, Wuhan-Hu-1, par 59 acides aminés ; 37 de ces changements concernent la protéine S, ce qui soulève la possibilité que S soit au cœur du comportement pathogène et antigénique d'Omicron.

cistanche tubulosa-améliorer le système immunitaire

Les mutations S affectent la réplication d'Omicron dans la culture cellulaire

La protéine Omicron S contient 30 substitutions d'acides aminés, 6 délétions et une insertion de 3 acides aminés en longueur, par rapport à Wuhan-Hu-1 (Données étendues, Fig. 1). Vingt-cinq de ces changements sont uniques à Omicron par rapport à d'autres COV, bien que certains d'entre eux aient été signalés dans les eaux usées et dans des variantes mineures du SRAS-CoV-221,22. Pour tester le rôle de la protéine S dans le phénotype Omicron, nous avons généré un virus recombinant chimérique contenant le gène S d'Omicron (USA-lh01/2021) et tous les autres gènes d'un SARS-CoV ancestral-2 (GISAID EPI{ {16}}ISL_2732373)23 (Données étendues Fig. 2a). Ce virus chimérique, nommé Omi-S, a été fabriqué en utilisant une forme modifiée de réaction d'extension de polymérase circulaire (CPER)24 (Extended Data Fig. 2b) qui a donné des stocks de virus très concentrés, contenant 0,5 × 106 –5 × 106 formant des plages. unités (PFU) par ml, à partir de cellules transfectées dans les deux jours suivant la transfection (Données étendues, Fig. 2c, d), évitant ainsi la nécessité d'une amplification virale supplémentaire.

Figure 1|Effet du S sur la cinétique de croissance in vitro d'Omicron. un schéma des virus. S, pointe ; N, nucléocapside. b – e, les cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2 (b,d) et les cellules Vero E6 (c,e) ont été infectées à une MOI de 0.01, et le le pourcentage de cellules N-positives (n=6 répétitions) (b, c) et la libération de particules infectieuses (n=3 répétitions) (d, e) ont été déterminés par cytométrie en flux et par test sur plaque, respectivement. f, les cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2 ont été infectées avec des mélanges de virus dans un rapport de 1 : 1 pour obtenir la MOI finale de 0.005 pour chaque virus . Les cellules ont été fixées aux temps indiqués et soumises à une cytométrie en flux. À gauche, diagramme de points représentatif ; à droite, pourcentage de cellules non infectées, infectées par Omi-S/mCherry, Omicron/mNeoGreen (Omicron/mNG) et doublement infectées. Des cellules infectées une seule fois ont été utilisées à des fins de compensation. Barres d'erreur, moyenne ± sd (n {{20}} répétitions). g, tailles de plaques. À gauche, images représentatives de plaques sur les cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2. À droite, le diamètre des plaques est représenté comme la moyenne ± écart-type de 20 plaques par virus. h, les cellules épithéliales iAT2 humaines ont été infectées à une MOI de 2,5 pendant 48 h ou 96 h. Le côté apical des cellules a été lavé avec une solution saline tamponnée au phosphate (PBS) 1 × et les niveaux de particules virales infectieuses ont été mesurés par test sur plaque. Barres d'erreur, moyenne ± écart-type (n=4 répétitions). Les expériences ont été répétées deux fois, chaque répétition expérimentale contenant 3 (b – g) ou 4 (h) répétitions. Les valeurs P ont été calculées par un test t bilatéral non apparié avec la correction de Welch. *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 et ****P < 0,0001 ; NS, pas significatif. La stratégie de déclenchement pour la cytométrie en flux est présentée dans la Fig. 1 supplémentaire.

Nous avons d'abord comparé l'efficacité de l'infection d'Omi-S avec un virus ancestral contenant le D614G (GISAID EPI_ISL_2732373 ; généré par CPER ; ci-après dénommé type sauvage (WT)) et un isolat d'Omicron. (USA-lh01/2021) en culture cellulaire (Fig. 1a). Pour cela, nous avons infecté les cellules ACE2- et TMPRSS2-exprimant Caco-2 (ci-après, ACE2/TMPRSS2/Caco-2) et Vero E6 avec Omi-S, WT et Omicron à une multiplicité d'infection (MOI) de 0,01 et surveillance de la propagation virale par cytométrie en flux et test de formation de plaques. Le virus WT et Omi-S se propagent rapidement dans les cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2, produisant respectivement 89 % et 80 % de cellules infectées 24 heures après l'infection (HPI) (Fig. 1b). En revanche, Omicron s'est répliqué plus lentement, conduisant à 48 % de cellules infectées à 24 hpi. Un schéma similaire a été observé dans les cellules Vero E6, dans lesquelles 60 % et 41 % des cellules étaient positives pour WT et Omi-S, respectivement, à 48 hpi, contre 10 % pour Omicron (Fig. 1c). L'analyse des plages a montré que, même si Omi-S et Omicron produisaient des niveaux inférieurs de particules virales infectieuses par rapport au WT, le titre viral d'Omi-S était significativement plus élevé que celui d'Omicron. Dans les cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2, Omi-S a produit 5,1- fois (P=0,0006) et 5,5- fois (P {{49} }.0312) plus de particules infectieuses qu'Omicron à 12 hpi et 24 hpi, respectivement (Fig. 1d). De même, dans les cellules Vero E6, les titres de virus infectieux d'Omi-S étaient 17- fois (P=0,0080) et 11- fois (P=0,0078) plus élevés. que celui d'Omicron à 24 hpi et 48 hpi, respectivement (Fig. 1e). La différence entre les virus est devenue moins évidente ultérieurement en raison de la cytotoxicité plus élevée provoquée par Omi-S par rapport à Omicron (Extended Data Fig. 3a). L'efficacité de réplication accrue d'Omi-S par rapport à Omicron a été préservée lors de tests à différentes MOI (Extended Data Fig. 3b). Nous avons en outre confirmé l'avantage de forme physique d'Omi-S par rapport à Omicron par un test de compétition directe. Pour cela, nous avons d'abord généré un Omicron (micron) recombinant qui, dans nos tests de culture cellulaire, imitait la cinétique de réplication de l'Omicron naturel (Extended Data Fig. 4). Ensuite, nous avons créé Omi-S contenant mCherry et Omicron contenant mNeonGreen, et inoculé des cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2 avec ces virus mélangés dans un rapport 1:1. L'analyse cytométrique en flux des cellules infectées à différents moments de l'infection a montré qu'Omi-S/mCherry était clairement supérieur à Omicron/mNeonGreen en termes de réplication (Fig. 1f). Enfin, l’efficacité d’infection plus élevée d’Omi-S s’est également reflétée dans la taille de la plaque ; bien que le virus WT ait produit les plus grandes plaques (environ 4,1 mm), la taille des plaques Omi-S (environ 2,2 mm) était deux fois plus grande (P < 0,0001) que celle des plaques Omicron (environ 1,1 mm) (Fig. 1g). Ces résultats indiquent que bien que les mutations de la protéine S influencent l’efficacité de l’infection d’Omicron, elles n’expliquent pas entièrement le phénotype d’Omicron.

Plusieurs éléments de preuve ont indiqué que la protéine S incorporée dans Omi-S se comportait de la même manière que dans l'Omicron naturel. Par exemple, comme décrit précédemment 20,25, Omicron S était mal clivé par rapport à WT S ; alors que 71% de S dans les virions WT étaient sous forme clivée, seulement 45% et 47% étaient clivés respectivement dans Omi-S et Omicron (Données étendues, Fig. 5a). Le même schéma de clivage S était évident dans les cellules infectées par le virus (WT, 63 % de clivage ; Omi-S, 33 % de clivage ; Omicron, 42 % de clivage) (Données étendues, Fig. 5b). Ces expériences ont également révélé qu'Omicron S était incorporé de manière inefficace dans les particules virales par rapport à WT S (rapport S sur nucléocapside (N) : 3,40 pour le virus WT, 1,91 pour Omi-S et 2,04 pour Omicron) (Données étendues, Fig. 5a). De même, Omi-S et Omicron ont produit des syncytia plus petits que le virus WT, une observation qui a déjà été rapportée pour Omicron20,26 (Extended Data Fig. 5c). Enfin, conformément à la littérature publiée25, Omi-S et Omicron ont montré une préférence pour l'entrée médiée par la cathepsine, comme en témoigne leur sensibilité plus élevée à l'inhibiteur de la cathepsine E64d (Extended Data Fig. 6). Nous avons ensuite comparé la cinétique de réplication de WT, Omi-S et Omicron dans les cellules épithéliales pulmonaires, qui forment un site de réplication virale majeur chez les patients atteints de COVID-19 (réf. 27, 28). En conséquence, nous avons utilisé des cellules épithéliales alvéolaires pulmonaires de type 2 (iAT2) dérivées de cellules souches pluripotentes induites par l'homme (iPS). Les cellules AT2 représentent une population cellulaire essentielle dans le poumon distal et constituent l'une des principales cibles de l'infection par le SRAS-CoV-228,29. Nous avons infecté des cellules iAT2, cultivées sous forme de culture à interface air-liquide (ALI), à une MOI de 2,5 et avons surveillé la sécrétion de descendance virale du côté apical des cellules à 48 hpi et 96 hp. Conformément aux résultats obtenus à partir des lignées cellulaires, le virus WT a produit les niveaux les plus élevés de particules virales infectieuses (Fig. 1h). Parmi Omi-S et Omicron, le premier a donné un titre viral infectieux environ cinq fois plus élevé (P=0,0008) à 48 ch. Les titres viraux pour WT et Omi-S ont diminué à 96 dpi par rapport à 48 hp en raison de l'effet cytopathique (CPE) de l'infection. Cependant, aucun CPE n’a été observé pour Omicron, conduisant à une production soutenue de virions infectieux. Dans l’ensemble, ces résultats corroborent la conclusion selon laquelle les mutations de S ne rendent pas pleinement compte de la capacité de réplication atténuée d’Omicron en culture cellulaire.

Avantages du cistanche pour les hommes : renforcer le système immunitaire

Cliquez ici pour voir les produits Cistanche Enhance Immunity

【Demandez plus】 E-mail :cindy.xue@wecistanche.com / Whats App : 0086 18599088692 / Wechat : 18599088692

Rôle minimal de S dans la pathogénicité d'Omicron chez la souris

Pour examiner si Omi-S présente une forme physique in vivo supérieure à celle d'Omicron, nous avons étudié le résultat de l'infection d'Omi-S par rapport au WT SARS-CoV-2 et à Omicron chez des souris K18-hACE2. En accord avec la littérature publiée4,5, l'inoculation intranasale d'Omicron à des souris (âgées de 12 à 20 semaines) (104 PFU par souris) n'a entraîné aucune perte de poids significative, alors que l'inoculation du virus WT a déclenché une diminution rapide du poids corporel, chez toutes les souris. perdre plus de 20 % de leur poids corporel initial 8 jours après l'infection (dpi) (Fig. 2a). Notamment, 80 % des souris infectées par Omi-S ont également perdu plus de 20 % de leur poids corporel de 9 dpi (Fig. 2a et Extended Data, Fig. 7a). L'évaluation des scores cliniques (une mesure cumulative de la perte de poids, d'une respiration anormale, d'une apparence aberrante, d'une réactivité réduite et d'un comportement altéré) a également révélé une tendance similaire ; alors que les souris infectées par Omicron présentaient peu ou pas de signes de maladie clinique, la santé des personnes infectées par WT et Omi-S s'est rapidement détériorée, le virus WT provoquant une maladie plus grave (P=0.0102) (Fig. 2b et données étendues Fig. 7b). Étant donné que le SRAS-CoV-2 provoque une infection mortelle chez les souris K18-hACE24, nous avons comparé la survie des souris après une infection virale. En accord avec les résultats de perte de poids corporel et de score clinique, WT et Omi-S ont entraîné des taux de mortalité de 100 % (6/6) et 80 % (8/10), respectivement. En revanche, toutes les souris infectées par Omicron ont survécu (Fig. 2c). Ces résultats, qui concordent avec une publication récente30, indiquent que la protéine S n'est pas le déterminant exclusif de la pathogénicité d'Omicron chez les souris K18-hACE2.

Ensuite, nous avons comparé la propagation d'Omi-S avec Omicron et WT SARS-CoV-2 dans les poumons et les cornets nasaux de souris K18-hACE2. Les souris (âgées de 12 à 20 semaines) ont été soumises à une provocation intranasale avec 104 PFU (sept souris par virus) et les titres viraux dans les poumons des souris ont été mesurés à 2 et 4 dpi. Conformément aux résultats in vitro, le titre de virus infectieux dans les poumons des souris infectées par WT était supérieur à celui détecté chez les souris infectées par les deux autres virus (Fig. 2d). Cependant, les souris infectées par Omi-S ont produit 30- fois (P=0,0286) plus de particules virales infectieuses que les souris infectées par Omicron à 2 dpi. Le titre a diminué à 4 dpi pour les souris infectées par WT et Omi-S, mais il a montré une tendance à la hausse pour les souris infectées par Omicron, indiquant la possibilité d'une infection légère mais persistante par Omicron chez les souris K18-hACE2. Les trois variantes récupérées dans les poumons de souris ont conservé le même phénotype de taille de plaque que l'inoculum d'origine, ce qui indique que la réplication chez la souris n'a eu aucun effet détectable sur les génotypes de ces virus (données non présentées).

Pour évaluer la pathogénicité virale dans les poumons et les cornets nasaux de souris K18-hACE2, nous avons effectué une analyse histopathologique de ces tissus à 2 dpi. Comme indiqué précédemment 4,31, une immunoréactivité étendue quasi diffuse de la protéine N du SRAS-CoV -2 a été détectée dans les alvéoles pulmonaires de souris infectées par le virus WT (Fig. 2e). En revanche, les infections par Omi-S et Omicron ont produit des foyers localisés de coloration alvéolaire avec moins de foyers pour Omicron par rapport à Omi-S. Le phénotype le plus marqué a été observé dans l'épithélium bronchiolaire, dans lequel Omi-S a provoqué une infection circonférentielle prononcée et routinière, avec environ 10 à 15 % des bronchioles étant positives pour la protéine N virale à 2 dpi, alors que seulement 3 à 5 % des bronchioles étaient N. -positif pour Omicron (Fig. 2f). Le virus WT a infecté environ 1 % des bronchioles et ne comprenait dans tous les cas qu’une seule cellule épithéliale isolée par bronchiole. De plus, l'infection bronchiolaire a été associée à une nécrose épithéliale chez les souris infectées par Omi-S, comme déterminé par une analyse en série de coupes d'hématoxyline et d'éosine (H&E), alors qu'aucune preuve histologique de lésion des voies respiratoires n'a été observée chez les souris infectées par Omicron ou WT (Extended Data Figures 8a,b). Les cornets nasaux de souris inoculées avec les virus WT et Omi-S contenaient tous deux d'abondantes cellules positives pour le SRAS-CoV-2-, qui étaient associées à des effets cytopathiques manifestes, tandis qu'Omicron produisait des cellules positives rares et sporadiques, sans signes apparents d'épithélium. blessure (données étendues, figure 8c). Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent que la réplication d’Omicron dans les voies respiratoires de la souris est considérablement atténuée par rapport à Omi-S, ce qui conforte notre conclusion selon laquelle les mutations de S ne sont que partiellement responsables de la pathogénicité atténuée d’Omicron.

Les mutations dans S et nsp6 définissent l'atténuation d'Omicron

En plus de la protéine S, Omicron présente des modifications des acides aminés dans les protéines non structurelles 3 (nsp3), nsp4, nsp5, nsp6, nsp14, l'enveloppe (E), la membrane (M) et les protéines N, par rapport au virus WT. (Données étendues, figure 9a). Pour identifier les protéines sans pointe impliquées dans l'atténuation d'Omicron, nous avons généré un large panel de virus chimériques marqués par fluorescence, chacun contenant Omicron S en combinaison avec une protéine sans pointe d'Omicron, les protéines restantes provenant du virus WT (Extended Data Fig.9b). Lorsque nous avons combiné Omicron S avec Omicron nsp6 (Omi-S/nsp6), nous avons observé une forte diminution de la réplication virale, avec une cinétique d'infection imitant celle d'Omicron en culture cellulaire (Fig. 3a – d) ; aucune diminution de ce type n’a été observée pour les autres virus chimériques. La faible efficacité de réplication d'Omi-S/nsp6 a également été corroborée par notre constatation selon laquelle Omi-S/nsp6 et Omicron ont mis près de cinq à six jours à récupérer par CPER, alors que toutes les autres variantes ont été récupérées en deux jours (données non présentées). Enfin, comme Omicron, Omi-S/nsp6 a été clairement surpassé par Omi-S dans un test de compétition directe (Fig. 3e).

Figure 2|Rôle de S dans la pathogénicité d'Omicron. a–c, des souris K18-hACE2 mâles et femelles (âgées de 12 à 20 semaines) ont été inoculées par voie intranasale avec 1 × 104 PFU de WT (n=6 souris), Omi-S (n=10 souris) ou Omicron (n {{1{{40}}}} souris). Deux stocks de virus générés indépendamment ont été utilisés dans cette expérience. Le poids corporel (a), le score clinique (b) et la survie (c) ont été surveillés quotidiennement pendant 14 jours. Les souris qui ont perdu 20 % de leur poids corporel initial ont été euthanasiées. d, e, K18-des souris hACE2 ont été inoculées par voie intranasale avec 1 × 104 PFU de WT (n=14 souris), Omi-S (n=14 souris) et Omicron (n {{ 20}} souris). Des échantillons de poumons des souris infectées ont été prélevés à 2 ou 4 dpi pour déterminer le titre viral (n=4 souris) (d) ou pour la détection immunohistochimique (IHC) de la protéine N (n=3 souris) (e). En e, des images IHC représentatives montrant le SRAS-CoV-2 N (couleur brune) dans les alvéoles (flèches) et les bronchioles (pointes de flèches) dans les poumons de souris à 2 dpi sont présentées. Barres d'échelle, 100 µm. f, Pourcentage de bronchioles N-positives dans les poumons de souris infectées (n=3 souris) à 2 dpi. Chaque point représente une souris infectée. La signification statistique a été déterminée à l'aide d'un test t bilatéral non apparié avec la correction de Welch (a, b, d, f) et le test de log-rank (Mantel-Cox) (c). *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 et ****P < 0,0001 ; NS, pas significatif.

Dans les poumons de souris K18-hACE2, alors qu'Omi-S provoquait une infection et des lésions bronchiolaires étendues, Omicron et Omi-S/nsp6 présentaient une diminution de l'infection sans signe de dommages épithéliaux (Fig. 3f). Conformément à ces découvertes, les poumons des souris infectées par Omi-S/nsp6- ont produit des titres viraux équivalents à ceux observés pour les isolats de rOmicron et d'Omicron (Fig. 3g). Enfin, 71 % des souris infectées par Omi-S/nsp6 ont survécu (Fig. 3h), contrairement aux taux de survie de seulement 20 % observés chez les souris infectées par Omi-S (Fig. 2c). Dans l'ensemble, ces résultats indiquent que les mutations dans S et nsp6 sont suffisantes pour définir la virulence atténuée d'Omicron. Ces observations confirment et étendent davantage les résultats d'une étude précédente montrant que les mutations dans la région 5′-UTR – nsp12, dans laquelle réside nsp6, contribuent à l'atténuation d'Omicron chez les souris K18-hACE230.

Figure 3|Les mutations dans S et nsp6 déterminent la pathogénicité d'Omicron.a–d, Cinétique de réplication des virus rapporteurs mNeonGreen indiqués dans les cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2 (MOI=0.01) déterminée par le flux cytométrie (n=3 répétitions) (a, c) et test de plaque (n=3 répétitions) (b, d). Les expériences ont été répétées deux fois. e, les cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2 ont été infectées avec des mélanges de virus dans un rapport de 1 : 1 pour obtenir la MOI finale de 0.005 pour chaque virus . Les cellules ont été fixées aux instants indiqués et analysées par cytométrie en flux. Le pourcentage de cellules non infectées, infectées une seule fois et doublement infectées est indiqué. Des cellules infectées une seule fois ont été utilisées à des fins de compensation. Les points de données individuels sont tracés avec la moyenne ± sd (n=3 répétitions). L'expérience a été répétée deux fois. Des souris f – h, K18-hACE2 ont été inoculées par voie intranasale avec 1 × 104 PFU de virus. Des échantillons de poumons de souris infectées ont été collectés à 2 dpi pour la détection IHC de la protéine N (n=3 souris) (f) ou pour la détermination des titres viraux (n=4 souris) (g). En f, des images représentatives de la coloration H&E des bronchioles N-positives sont présentées dans des encadrés. La nécrose épithéliale bronchiolaire est indiquée par des flèches. Aucun signe de nécrose n’a été observé dans les bronchioles des souris infectées par Omicron ou Omi-S/nsp6. Barre d'échelle, 100 µm. Le graphique de droite en f montre le pourcentage de bronchioles N-positives dans les poumons des souris infectées. Chaque point représente une souris infectée. h, Survie des souris infectées surveillée quotidiennement pendant 14 jours. Les souris qui ont perdu 20 % de leur poids corporel initial ont été euthanasiées. La signification statistique a été déterminée à l'aide d'un test t bilatéral non apparié avec la correction de Welch (a – g) et le test de log-rank (Mantel-Cox) (h). *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 et ****P < 0,0001 ; NS, pas significatif.

La protéine S RBM est à l'origine de l'évasion du vaccin d'Omicron

De nombreuses publications ont fourni la preuve de la capacité d’Omicron à échapper à l’immunité humorale induite par le vaccin14,19. Pour définir les régions S associées au phénotype d'évasion immunitaire d'Omicron, nous avons d'abord comparé l'activité de neutralisation in vitro des sérums d'individus vaccinés contre le WT SARS-CoV-2 (USA-WA1/20 20), Omi-S et Omicron. Les sérums collectés dans les deux mois suivant la deuxième dose de vaccin à ARNm-1273 (vaccin à ARNm Moderna ; n=12) ou BNT162b2 (vaccin à ARNm de Pfizer-BioNTech ; n=12) ont été inclus (données étendues Tableau 1). Nous avons effectué un test de neutralisation multicycle en utilisant un environnement dans lequel le virus et les sérums neutralisants étaient présents à tout moment, imitant la situation chez un individu séropositif. Tous les sérums ont mal neutralisé Omicron, avec une dilution neutralisante demi-maximale inférieure de 11,1- (plage : 4,4- à 81,2- fois ; P < 0,0001) (ND50). pour Omicron par rapport à WA1 (Fig. 4a, b). En fait, environ 80 % des échantillons n’ont pas complètement neutralisé Omicron à la concentration testée la plus élevée (Extended Data Fig. 10). Notamment, Omi-S présentait des valeurs ND50 identiques à celles d'Omicron (11,5- fois inférieures à celles de WA1 ; P < 0,0001) (Fig. 4a, b), suggérant que la protéine Omicron S, lorsqu'elle est incorporée dans un WT virus, se comporte de la même manière que dans Omicron.

Figure 4|Rôle de S dans la résistance immunitaire d'Omicron. Valeurs ND50 pour WA1, Omi-S et Omicron dans les sérums d'individus ayant reçu deux injections du vaccin Moderna (donneurs 1 à 12) ou Pfizer (donneurs 13 à 24) (des détails supplémentaires sur les sérums sont fournis dans la section Extension). Tableau de données 1 ; les courbes individuelles sont présentées dans les données étendues Fig. 1 0). b, Trajectoires des valeurs ND50 par rapport à WA1, Omi-S et Omicron (les données de a sont tracées). Le changement de facteur des valeurs ND50 est indiqué (n=24 échantillons de sérum). c – f, schéma des virus chimériques (à gauche ; c, d) et mutants (à gauche ; e, f). La numérotation des acides aminés des mutants WA1 dans e est basée sur la séquence WA1 S, tandis que la numérotation des mutants Omicron dans f est basée sur la séquence Omicron S. Six des 24 sérums (3 de Moderna et 3 de Pfizer) ont été testés. Chaque échantillon de sérum est représenté par un point d'une couleur spécifique. Les données sont tracées sous forme de changement de pli du virus parental. La signification statistique a été déterminée à l'aide d'un test t bilatéral non apparié avec la correction de Welch. *P < 0,05, **P < 0,01, ***P < 0,001 et ****P < 0,0001 ; NS, pas significatif.

La protéine S du SRAS-CoV-2 comprend deux domaines : le domaine S1, qui interagit avec le récepteur ACE2, et le domaine S2, qui est responsable de la fusion membranaire32. Au sein du domaine S1 se trouvent un domaine N-terminal (NTD) et un domaine de liaison au récepteur (RBD), qui contient le motif de liaison au récepteur (RBM) qui entre en contact direct avec le récepteur ACE233. Le NTD d'Omicron S présente 11 modifications d'acides aminés, dont 6 délétions et une 3-insertion longue d'un acide aminé, tandis que le RBD contient 15 mutations, dont 10 sont concentrées dans le RBM (Extended Données Fig.1). Le NTD et le RBD hébergent tous deux des épitopes neutralisants34-37, mais le RBD est immunodominant et représente la cible principale de l'activité neutralisante présente dans les sérums immuns du SRAS-CoV-237,38. Pour déterminer si le phénotype de résistance à la neutralisation d'Omicron est provoqué par des mutations dans un domaine particulier de la protéine S, nous avons généré deux groupes de virus chimériques. Le premier groupe comprenait le virus WA1 portant le NTD, RBD ou RBM d'Omicron (Fig. 4c), et le deuxième groupe était constitué du virus Omi-S portant le NTD, RBD ou RBM de WA1 (Fig. 4d). Le test de neutralisation a montré que les mutations du RBM étaient la principale cause de la résistance d'Omicron à l'immunité humorale induite par le vaccin : le remplacement du RBM de WA1 par celui d'Omicron a diminué le ND50 de 5,4- fois (P < 0,0001), et, à l'inverse, le remplacement du RBM d'Omi-S par celui de WA1 a augmenté le ND50 de 5,6- fois (P=0,0003) (Fig. 4c, d). Le fait qu’aucun des virus RBM-swap n’ait atteint la différence d’environ 11- fois observée entre WA1 et Omi-S suggère que des mutations dans d’autres parties de S contribuent également à la résistance au vaccin.

Pour déterminer si des mutations spécifiques dans Omicron RBM entraînent la fuite du vaccin, nous avons généré deux panels supplémentaires de virus recombinants, l'un avec WA1 S portant des mutations d'Omicron RBM, seules ou en combinaison (Fig. 4e), et l'autre avec Omicron S dépourvu des mêmes mutations. ensemble de mutations (Fig. 4f). Deux mutants WA1 - le mutant 3 (avec une substitution E484A) et le mutant 4 (portant un groupe de cinq substitutions Q493R, G496S, Q498R, N501Y et Y505H) - ont présenté une diminution modérée mais statistiquement significative de 1,4- fois ( P=0.0002) et 1,8- fois (P=0.0003) dans les valeurs ND50, respectivement, par rapport à WA1 (Fig. 4e). Le contraire a été observé lorsque ces mutations ont été supprimées d’Omicron S ; le mutant Omicron 3 (sans substitution E484A) et le mutant 4 (sans Q493R, G496S, Q498R, N501Y et Y505H) avaient 1,9- fois (P=0,0082) et 3,{{38. }} fois (P=0,0025) des valeurs ND50 plus élevées par rapport à Omicron (Fig. 4f). Comme aucun des mutants n’a capturé le phénotype global d’Omicron, nous supposons que la fuite du vaccin est un effet cumulatif de mutations réparties le long de la protéine S. Il est possible que des mutations modifient la conformation d'Omicron S de telle manière que la plupart des épitopes neutralisants immunodominants soient perturbés et deviennent indisponibles pour la neutralisation.

cistanche tubulosa-améliorer le système immunitaire

Discussion

Cette étude fournit des informations clés sur les protéines virales qui contribuent à la pathogénicité du SRAS-CoV-2. Nous montrons que S, la protéine la plus mutée d'Omicron, joue un rôle incomplet dans l'atténuation d'Omicron. Dans les tests d’infection cellulaire, le virus Omi-S présente une efficacité de réplication intermédiaire entre le virus ancestral et Omicron. De même, chez les souris K18-hACE2, Omi-S contraste avec Omicron non mortel et entraîne une mortalité de 80 % ; le virus ancestral provoque une mortalité de 100 % chez ces souris. Notamment, lorsque nous avons combiné des mutations S avec des mutations dans nsp6, le virus a présenté un phénotype atténué ressemblant largement à celui d'Omicron, indiquant que ces deux protéines sont des déterminants majeurs de la pathogénicité d'Omicron. Les futures études décrypteront le(s) mécanisme(s) par lequel les mutations de nsp6 affectent la réplication virale.

Une limite potentielle de notre étude est l'utilisation de souris K18-hACE2 pour les études de pathogenèse au lieu de modèles de primates présentant davantage de similitudes avec les humains39. Il convient cependant de noter que les souris K18-hACE2 constituent un modèle bien établi pour étudier le phénotype mortel du SRAS-CoV-24,31. Bien que ces souris développent une pathologie pulmonaire après une infection par le SRAS-CoV-2, la mortalité a été associée à l'implication du système nerveux central en raison de la neuroinvasion et de la dissémination virales31,40. Le fait que l'infection des souris K18-hACE2 par Omi-S, mais pas par Omicron, provoque des signes neurologiques (par exemple, une posture voûtée et un manque de réactivité) suggère que la propriété de neuroinvasion est préservée dans Omi-S, probablement en raison de son efficacité de réplication plus élevée et du fait que les déterminants de cette propriété se situent en dehors de la protéine S. Ces résultats concordent avec une étude précédente montrant que les hamsters infectés par Omi-S excrétaient significativement plus de virus et perdaient plus de poids que ceux infectés par Omicron, ce qui suggère que des mutations en dehors de S contribuent à la pathogénicité atténuée d'Omicron41.

Nous avons constaté que bien que le virus ancestral se réplique principalement dans les alvéoles pulmonaires et ne provoque qu'une rare infection des bronchioles chez les souris K18-hACE2, Omi-S et Omicron présentent une propension accrue à se répliquer dans l'épithélium bronchiolaire, ce qui indique que le virus S la protéine est responsable du changement de tropisme. Le mécanisme derrière ce changement est inconnu, mais il est possible qu'Omicron S soit plus efficace que WT S dans l'utilisation de la cathepsine B ou de la cathepsine L (réf. 25, 42, 43), qui forment une voie d'entrée virale active dans les bronchioles et autres voies respiratoires. cellules41. En revanche, l'entrée du SRAS-CoV -2 dans les cellules épithéliales alvéolaires est principalement provoquée par TMPRSS2 (réf. 28, 44), qu'Omicron S ne parvient pas à utiliser 25, 45, ce qui entraîne une mauvaise infection de ces cellules 4, 5. ,25,43. Ces résultats peuvent expliquer la pathologie pulmonaire atténuée causée par Omicron.

avantages cistanche-renforcer le système immunitaire

Omicron nsp6 a deux sites modifiés par rapport à l'isolat prototype SARS CoV-2 Wuhan-Hu-1 : une délétion de trois acides aminés (LSG, positions 105 à 107) et une substitution I189V (Extended Data Fig .9). Plusieurs fonctions de nsp6 dans la réplication du coronavirus ont été décrites ; le principal d’entre eux est la biogenèse des vésicules à double membrane (DMV), qui représentent le site de la synthèse de l’ARN viral46-50. Une étude précédente a montré que les DMV du SRAS-CoV-2 sont principalement générés par l'action concertée de trois protéines virales : nsp3, nsp4 et nsp6 ; bien que nsp3 et nsp4 soient suffisants pour la formation des DMV, nsp6 relie ces DMV au réticulum endoplasmique et canalise la communication essentielle entre ces structures46. La question de savoir si la constellation de mutations dans Omicron nsp6 affecte la formation ou les fonctions du DMV nécessite des recherches plus approfondies. Nsp6 active également la production de cytokines et la pyroptose dépendantes du NLR3- dans les poumons des patients atteints de COVID-19, servant de facteur de virulence clé47. Il convient de noter qu’une variante de nsp6 associée au COVID asymptomatique-19 a présenté une capacité réduite à induire la pyroptose47, ce qui laisse supposer que des mutations dans Omicron nsp6 pourraient également influencer la pyroptose. Des études mécanistiques détaillées seront nécessaires pour disséquer l’effet des mutations d’Omicron sur les fonctions de nsp6.

On ne sait pas actuellement si les mutations de S et nsp6 fonctionnent de concert pour piloter l’atténuation d’Omicron. Étant donné qu'Omicron S a montré une prédilection plus élevée pour les bronchioles, il est possible que S soit responsable de la modification du tropisme viral, alors que les mutations sans pic, y compris celles de nsp6-, ne sont que de simples adaptations à l'environnement tissulaire modifié. Il convient de mentionner que bien que nsp6 semble être la principale protéine sans pointe à l’origine de l’atténuation d’Omicron, la contribution d’autres protéines virales ne peut être complètement exclue. Des expériences in vitro examinant le rôle des mutations sans pointe ont toutes été réalisées dans des cellules ACE2/TMPRSS2/Caco-2. L’utilisation d’autres types de cellules plus immunocompétentes pourrait également révéler l’effet d’autres mutations sans pic. De plus, nos virus chimériques contenaient Omicron S associé à une seule protéine sans pointe à la fois, ce qui limitait les interactions épistatiques à longue portée entre les mutations de plusieurs protéines virales.

Avantages du cistanche pour les hommes : renforcer le système immunitaire

Notre étude montre que les mutations dans le RBM d'Omicron S sont les principaux déterminants de la fuite d'Omicron des anticorps neutralisants, bien que des mutations dans d'autres régions de S y contribuent également. Au sein du RBM, nous identifions deux points chauds de mutations, qui confèrent à Omicron S la capacité de résister à la neutralisation : l'un portant la substitution E484A et l'autre contenant un groupe de cinq substitutions : Q493R, G496S, Q498R, N501Y et Y505H. Il a été démontré que la substitution E484A échappe à la neutralisation par les sérums de convalescence51. De plus, la modélisation structurelle suggère que certains anticorps monoclonaux thérapeutiques établissent des ponts salins hautement stables avec le résidu E484, perdant entièrement leur liaison lorsque ce résidu est remplacé par A ou après des modifications de Q493K et Y505H52. De même, la cartographie des résidus RBM qui interagissent directement avec 49 anticorps neutralisants connus a révélé que N440, G446, S477 et T478 étaient des interactions à basse fréquence, N501, Y505 et Q498 étaient des interactions à moyenne fréquence, et E484 et Q493 étaient des interactions à haute fréquence. , conformément aux résultats de nos tests de neutralisation. Notamment, bien que le potentiel de liaison aux anticorps d’Omicron S soit altéré54, sa capacité de liaison aux récepteurs est intacte. En fait, le RBD Omicron a une affinité plus élevée pour l’ACE2 par rapport aux RBD Wuhan-Hu-1 et Delta25. Ceci indique que les mutations d'Omicron S ont évolué de telle manière qu'elles entravent la liaison des anticorps mais préservent l'engagement du récepteur. Cela ouvre la possibilité de cibler les régions conservées et structurellement contraintes de S qui sont impliquées dans la reconnaissance ACE2 pour la conception de vaccins à large spectre pour contrôler la pandémie de COVID-19.

les références

1. Liu, L. et al. Évasion frappante des anticorps manifestée par la variante Omicron du SRAS-CoV-2. Nature 602, 676-681 (2022).

2. Planas, D. et coll. Évasion considérable du SRAS-CoV-2 Omicron vers la neutralisation des anticorps. Nature 602, 671-675 (2022).

3. Schmidt, F. et al. Neutralisation plasmatique de la variante Omicron du SRAS-CoV-2. N. Engl. J.Méd. 386, 599-601 (2022).

4. Shuai, H. et al. Réplication atténuée et pathogénicité du SRAS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron. Nature 603, 693-699 (2022).

5. Halfmann, PJ et coll. Le virus SRAS-CoV-2 Omicron provoque une maladie atténuée chez les souris et les hamsters. Nature 603, 687-692 (2022).

6. Lewnard, JA et coll. Résultats cliniques associés à la variante du SRAS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) et à l'infection par la sous-variante BA.1/BA.1.1 ou BA.2 en Californie du Sud. Nat. Méd. 28, 1933-1943 (2022).

7. Wolter, N. et coll. Évaluation précoce de la gravité clinique de la variante omicron du SRAS-CoV-2 en Afrique du Sud : une étude de couplage de données. Lancette 399, 437-446 (2022).

8. Ulloa, AC, Buchan, SA, Daneman, N. & Brown, KA Estimations de la gravité de la variante Omicron du SRAS-CoV-2 en Ontario, Canada. Confiture. Méd. Assoc. 327, 1286-1288 (2022).

9. Uraki, R. et coll. Caractérisation des isolats du SRAS-CoV-2 Omicron BA.4 et BA.5 chez les rongeurs. Nature 612, 540-545 (2022).

10. Uraki, R. et coll. Caractérisation et sensibilité aux antiviraux du SRAS-CoV-2 Omicron BA.2. Nature 607, 119-127 (2022).

11. Dyer, O. Covid-19 : Omicron provoque plus d'infections mais moins d'hospitalisations que Delta, selon les données sud-africaines. Frère. Méd. J. 375, n3104 (2021).

12. Sigal, A. Maladie plus bénigne avec Omicron : est-ce le virus ou l'immunité préexistante ? Nat. Révérend Immunol. 22, 69-71 (2022).

13. QUI. Suivi des variantes du SRAS-CoV-2 https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS CoV-2-variants/ (2022).

14. Cele, S. et al. Omicron échappe largement mais incomplètement à la neutralisation Pfizer BNT162b2. Nature 602, 654-656 (2022).

15. Gu, H. et coll. Transmission probable de la variante omicron du SRAS-CoV-2 dans un hôtel de quarantaine, Hong Kong, Chine, novembre 2021. Emerg. Infecter. Dis. 28, 460-462 (2022).

16. Iuliano, AD et coll. Tendances en matière de gravité de la maladie et d'utilisation des soins de santé au début de la période de variante Omicron par rapport aux précédentes périodes de transmission élevée du SRAS-CoV-2 - États-Unis, décembre 2020-janvier 2022. Morb. Mortel. Rép. hebdomadaire 71, 146-152 (2022).

17. CDC. Suivi des données COVID https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions (2022).

18. Taylor, L. Covid-19 : Omicron atteint un record hebdomadaire d'infections mondiales. Frère. Méd. J. 376, o66 (2022).

19. Dejnirattisai, W. et al. Le SRAS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 conduit à une évasion généralisée des réponses en anticorps neutralisants. Cellule 185, 467-484 (2022).

20. Suzuki, R. et coll. Fusogénicité et pathogénicité atténuées de la variante Omicron du SRAS-CoV-2. Nature 603, 700-705 (2022).

21. Smyth, DS et coll. Suivi des lignées énigmatiques du SRAS-CoV-2 détectées dans les eaux usées de New York. Nat. Commun. 13 635 (2022).

22. Kirby, AE et coll. Notes du terrain : premières preuves de la variante du SRAS-CoV-2 B.1.1.529 (Omicron) dans les eaux usées communautaires-États-Unis, novembre-décembre 2021. Morb. Mortel. Rép. hebdomadaire 71, 103-105 (2022).

23. Herrmann, A. et coll. Clonage d'un génome du SRAS-CoV-2 sans passage et mutagenèse par recombinaison rouge. Int. J. Mol. Sci. 22, 10188 (2021).

24. Liu, G. & Gack, MU Une méthode optimisée basée sur la réaction d'extension de la polymérase circulaire pour l'analyse fonctionnelle du SRAS-CoV-2. Préimpression sur https://doi.org/10.1101/2022.11.26.518005 (2022).

25. Meng, B. et coll. L'utilisation modifiée de TMPRSS2 par le SRAS-CoV-2 Omicron a un impact sur le tropisme et la fusogénicité. Nature 603, 706-714 (2022).

26. Willett, BJ et coll. Le SRAS-CoV-2 Omicron est une variante d'évasion immunitaire avec une voie d'entrée cellulaire modifiée. Nat. Microbiol. 7, 1161-1179 (2022).

27. Martines, RB et coll. Pathologie et pathogenèse du SRAS-CoV-2 associés à une maladie mortelle à coronavirus, États-Unis. Émerger. Infecter. Dis. 26, 2005-2015 (2020).

28. Huang, J. et coll. L'infection par le SRAS-CoV-2 de cellules alvéolaires pulmonaires humaines de type 2 dérivées de cellules souches pluripotentes provoque une réponse inflammatoire épithéliale intrinsèque rapide. Cellule souche 27, 962-973 (2020).

29. Mulay, A. et coll. Infection par le SRAS-CoV-2 de l'épithélium pulmonaire humain primaire pour la modélisation du COVID-19 et la découverte de médicaments. Cell Rep.35, 109055 (2021).

30. Liu, S., Selvaraj, P., Sangare, K., Luan, B. & Wang, TT Atténuation indépendante de la protéine Spike du SRAS-CoV-2 variante Omicron chez des souris de laboratoire. Cell Rep.40, 111359 (2022).

31. Carossino, M. et coll. La neurodissémination mortelle et le tropisme du SRAS-CoV-2 chez les souris K18-hACE2 ne dépendent que partiellement de l'expression de hACE2. Virus 14 535 (2022).

32. Huang, Y., Yang, C., Xu, XF, Xu, W. & Liu, SW Propriétés structurelles et fonctionnelles de la protéine de pointe du SARS CoV-2 : développement potentiel d'un médicament antivirus pour le COVID-19 . Acta Pharmacol. Péché. 41, 1141-1149 (2020).

33. Lan, J. et coll. Structure du domaine de liaison au récepteur Spike du SRAS-CoV-2 lié au récepteur ACE2. Nature 581, 215-220 (2020).

34. Chi, X. et coll. Un anticorps humain neutralisant se lie au domaine N-terminal de la protéine Spike du SRAS-CoV-2. Sciences 369, 650-655 (2020).

35. Voss, WN et coll. Reconnaissance IgG répandue, protectrice et convergente des épitopes Spike non RBD du SRAS-CoV-2. Sciences 372, 1108-1112 (2021).

36. Premkumar, L. et coll. Le domaine de liaison au récepteur de la protéine de pointe virale est une cible immunodominante et hautement spécifique des anticorps chez les patients atteints du SRAS-CoV-2. Sci. Immunol. 5, eabc8413 (2020).

37. Ju, B. et coll. Anticorps neutralisants humains provoqués par l'infection par le SRAS-CoV-2. Nature 584, 115-119 (2020).

38. Piccoli, L. et coll. Cartographie des sites neutralisants et immunodominants sur le domaine de liaison au récepteur Spike du SRAS-CoV-2 par sérologie haute résolution guidée par la structure. Cellule 183, 1024-1042 (2020).

39. Chang, MC, Hild, S. & Grieder, F. Modèles de primates non humains pour la recherche sur le SRAS-CoV-2 : envisagez des alternatives aux macaques. Animation de laboratoire. 50, 113-114 (2021).

40. Kumari, P. et coll. Neuroinvasion et encéphalite suite à l'inoculation intranasale du SRAS CoV-2 chez des souris K18-hACE2. Virus 13, 132 (2021).

41. Paon, TP et al. La voie d'entrée modifiée et la distance antigénique de la variante Omicron du SRAS-CoV-2 correspondent à des domaines distincts de la protéine de pointe. Préimpression sur https://doi.org/ 10.1101/2021.12.31.474653 (2022).

42. Padmanabhan, P. & Dixit, NM Modélisation de la façon dont l'utilisation modifiée des voies d'entrée cellulaire par la variante SARS-CoV-2 Omicron peut affecter l'efficacité et la synergie des inhibiteurs de TMPRSS2 et de la cathepsine B/L. Préimpression sur https://doi.org/10.1101/2022.01.13.476267 (2022).

43. Hui, KPY et al. SARS-CoV-2 Réplication du variant Omicron dans les bronches et les poumons humains ex vivo. Nature 603, 715-720 (2022).

44. Grau-Exposito, J. et al. Évaluation de l'entrée du SRAS-CoV-2, de l'inflammation et de nouveaux traitements dans les cellules des tissus pulmonaires humains. Pathog PLoS. 18, e1010171 (2022).

45. Zhao, H. et coll. La variante SARS-CoV-2 Omicron présente une activité de réplication et de fusion moins efficace que la variante Delta dans les cellules exprimées par TMPRSS2-. Émerger. Les microbes infectent. 11, 277-283 (2022).

46. ​​Ricciardi, S. et al. Le rôle de NSP6 dans la biogenèse de l'organite de réplication du SRAS-CoV-2. Nature 606, 761-768 (2022).

47. Sun, X. et coll. La protéine non structurale 6 du SRAS-CoV-2 déclenche la pyroptose dépendante du NLRP3-en ciblant l'ATP6AP1. La mort cellulaire diffère. 29, 1240-1254 (2022).

48. Cottam, EM, Whelband, MC & Wileman, T. Le coronavirus NSP6 restreint l'expansion des autophagosomes. Autophagie 10, 1426-1441 (2014).

49. Benvenuto, D. et al. Analyse évolutive du SRAS-CoV-2 : comment la mutation de la protéine non structurale 6 (NSP6) pourrait affecter l'autophagie virale. J. Infecter. 81, e24-e27 (2020).

50. Gosert, R., Kanjanahaluethai, A., Egger, D., Bienz, K. & Baker, SC La réplication de l'ARN du virus de l'hépatite de souris a lieu au niveau de vésicules à double membrane. J. Virol 76, 3697-3708 (2002).

51. Liu, Z. et al. Identification des mutations de pointe du SRAS-CoV-2 qui atténuent la neutralisation des anticorps monoclonaux et sériques. Microbe hôte cellulaire 29, 477-488 (2021).

52. Shah, M. & Woo, HG Omicron : une variante fortement mutée du SRAS-CoV-2 présente une liaison plus forte à l'ACE2 et échappe puissamment aux anticorps thérapeutiques approuvés contre le COVID-19. Devant. Immunol. 12, 830527 (2021).

53. Ye, G., Liu, B. & Li, F. Structure Cryo-EM d'un ectodomaine de protéine de pointe omicronique du SRAS-CoV-2. Nat. Commun. 13, 1214 (2022).

54. Carreno, JM et al. Activité du sérum de convalescence et vaccinal contre le SRAS-CoV-2 Omicron. Nature 602, 682-688 (2022).